二审：企业意见被合理吸纳
提交一审后的草案，在随后的2008年4月份向社会全文公布，征求意见。根据南方周末记者从全国人大办常委会公厅了解，公众的意见亦集中在监管体制上。
一些意见提出，草案将过渡性的分段监管的制度固化，是部门利益相互妥协的结果，“操作性不强，漏洞太多。”
此时国务院机构改革方案已经通过，卫生部被明确承担食品安全综合协调责任，由此立法者亦开始考虑解决体制问题。“随后在二审前的三四月份间，我们就确立卫生部综合协调，质检、工商、食药监等部门分段监管的思路。”李援说，“同时要将各个标准统一为食品安全国家标准，由卫生部统一制定，统一公布，以杜绝过去的弊端。”二审稿最终确立了上述规定。
但关于食品安全国家标准统一制定的问题，国家质检总局却有不同的意见。此前，按照标准化法规定，国家标准制定部门是“国家标准化管理委员会”，该委员会由国家质检总局主管。“现在要把食品安全的国家标准制定，拿出来给卫生部门，难度非常大。”李援说。
此前，卫生部门制定的食品卫生标准，也是由其和标准化委员会联合发布。“但是联合发布就涉及到工作的衔接问题，就有可能扯皮。”李说，“国家质检总局从维护国家标准制度的角度坚持联合发布。”
统一标准的事情，显然涉及到大量的协调工作，“国务院为这件事从去年3月就开始做工作，为解决这个问题，我们在二审稿的总则里专门加了一条，要求相关各部门要‘加强沟通，密切配合，依法行使职权，承担责任’，就是为了协调各部门利益。”李援说。
另外的一个争议就是草案中规定的“电子监管码”，这是国家质检总局从2008年开始推行的，即在每件产品的包装上粘贴或打印一个由条码和数字编码组成的电子监管码。
商务部和国家工商总局说，这一制度尚需论证。
而最激烈的反对声音来自企业，中国食品工业协会收集的意见说，草案中说的“电子监管码”对提高食品安全并无现实作用，且加重企业负担。如某饼干生产企业，如果实行此制度，就要增加投入将近1亿元。最终的结果是，二审稿将该规定删除。
关于草案，卫生部也有意见，建议保留由此前的食品卫生法确立的，实践证明行之有效的食品卫生监督检查制度。二审稿最后充实了草案中“食品生产经营”一章，将之前的食品卫生法里的很多规定转移了过来。
