除了北方的麦曲外，至迟在晋代南方已出现了团状的米曲。晋人嵇含在<< 南 方草木状>>中记载了南方的草曲，也即米曲，这是关于南方米曲的最早记载。小曲一般是南方所特有，从晋代第一次在文献中出现以来，名称繁多，宋代 <<北山酒经> >中共有四例。其制法大同小异:采用糯米或粳米为原料， 先浸泡蓼叶 或蛇麻花，或绞取汁。取其汁拌米粉，揉面米团。
传统小曲的生产流程：
陈酒药 水 米粉 辣蓼草末
│ │ ↓ │
│ └──→拌料←─────┘
│ ↓
│ 打实
│ ↓
│ 切块
│ ↓
│ 滚角
│ ↓
└────────→ 接种
↓
入缸保温培养
↓
入匾培养,换匾,并匾
↓
装箩,出箩
↓
晒干
图2.2 传统小曲生产流程
传统的麦曲，完全采用天然接种微生物的方式。小曲的接种在宋代以前， 也 不例外。但在<<北山酒经>>中则记载了一种人工接种的方式，即:"团成饼子，以旧 曲末逐个为衣"。也就是说把新制成的曲团在陈曲粉末上滚动一下， 陈曲末便粘在 新曲团的表面，陈曲末中有大量的根霉孢子，可以在曲团上迅速繁殖，形成生长优 势。由于可以人为地选择质量较好的陈曲作为曲种，这就可以择优汰劣。通过年复 一年的人工选育，自然淘汰，质量优越的曲种(实际上是微生物菌种)就保留下来了。 而天然接种的酒曲，酒曲中微生物的来源主要是水源，原料本身所带入，或者制曲 场所及用具。性能优良的菌种无法代代相传，酒质也就无法恒定。
明清时期，小曲中加入种类繁多的中草药，成为这一时期的特点。明代<< 天 工开物>>中说:"其入诸般君臣与草药，少者数味，多者百味，则各土各法，亦不可 殚述"。这种传统做法一直延续至现代。周恒刚先生在1964 年搜集的四川邛崃的药 曲配方中，有一例，其配方中用药达72味，合计50多公斤，可配1460公斤的原料( <<糖化曲> >，1964年，中国财经出版社)。但小曲也有少加甚至不加药的。 如明代 的东阳酒曲中只加辣蓼。宁波白药也是如此。故明代以来，小曲向药小曲和无药小 曲两个方向发展。
小曲中的微生物主要是根霉，据有关科技工作者分离鉴定，在分离到的828株 毛霉科的霉菌中，其中根霉占643株。根霉不仅具有糖化作用，还具有酒化酶， 故 具有酒化作用。小曲中还有许多其它微生物，现代工业微生物从中得到不少有益的 菌种，继续为人类做出贡献。
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