冬瓜生长期较长，根系较多，对肥水反应比较敏感。冬瓜施用猪牛粪等腐熟厩肥，骨粉、人粪尿等有机肥，果实肉厚，味淡，不耐贮存。偏施氮肥，则果肉薄，味淡不耐贮存。因此冬瓜施肥，应掌握以下原则和技术。
基肥 整地时一般亩施优质堆厩肥1000～1500kg，过磷酸钙30～40kg，氯化钾15kg。也可将厩肥、磷、钾肥混合，在播种前按株距开窝，每窝施1～1.5kg，然后盖土并混合，再施点清粪水，便可播种。
追肥 冬瓜追肥宜前轻后重，先淡后浓。生长前期只施2～3次清粪水，蔓长66.6～99.9cm时再施2～3次清粪水，促蔓生长，座果时也宜少施，淡施，看苗施肥，以免生长过旺而化瓜。座果前每次施肥可加少量化肥(每50kg加5～10克尿素就够)，座果后宜勤施粪水，一般5天左右一次，并适当增加浓度。追肥数量的分配，一般在抽蔓期以前约占全量的30％～40％，开花结果期占60％～70％。开花结果期的肥料应在结果的前期和中期施完。为提高施肥效益，在追肥时，不要在雨前施，也不要在大雨后立即施。并注意不要让化肥弄到瓜上引起烂瓜。
冬瓜施肥问题应注意：(1)不能偏施氮肥。许多冬瓜生产者虽然比较重视施用基肥，但在追肥上往往从幼苗期开始便施用较多的粪水、硫酸铵。尿素等氮肥，在结果期施用的更多。这样会因过多施用肥料增加成本，而且往往会引起枯萎病和疫病的发生和发展；在结果中后期追施过多氮肥，往往会诱发果实绵腐病的大量发生。(2)应根据天气情况施肥。选择晴天施肥，如果在大雨前后追肥，往往会加剧病害的发生。
