1、配制溶液
向容器内加入所需水量的一部分，按照培养基的配方，称取各种原料，依次加入使其溶解，最后补足所需水分.对蛋白胨、肉膏等物质，需加热溶解，加热过程所蒸发的水分，应在全部原料溶解后加水补足.
配制固体培养基时，先将上述已配好的液体培养基煮沸，再将称好的琼脂加入，继续加热至完全融化.并不断搅拌，以免琼脂糊底烧焦.
2、调节pH值
用pH试纸(或pH电位计、氢离子浓度比色计)测试培养基的pH值，如不符合需要，可用10%HCl或10%NaOH进行调节，直到调节到配方要求的pH值为止.
3、过滤
用滤纸、纱布或棉花趁热将已配好的培养基过滤.用纱布过滤时，最好折叠成六层，用滤纸过滤时，可将滤纸折叠成瓦棱形，铺在漏斗上过滤.
4、分装
已过滤的培养基应进行分装.如果要制作斜面培养基，须将培养基分装于试管中.如果要制作平板培养基或液体、半固体培养基，则须将培养基分装于锥形瓶内.
分装时，一手捏松弹簧夹，使培养基流出，另一只手握住几支试管或锥形瓶，依次接取培养基.分装时，注意不要使培养基粘附管口或瓶口，以免浸湿棉塞引起杂菌污染.
装入试管的培养基量，视试管和锥形瓶的大小及需要而定.一般制作斜面培养基时，每只15×150毫米的试管，约装3～4毫升(1/4～1/3试管高度)，如制作深层培养基，每只20×220毫米的试管约装12～15毫升.每只锥形瓶装入的培养基，一般以其容积的一半为宜.
5、加棉塞
分装完毕后，需要用棉塞堵住管口或瓶口.堵棉塞的主要目的是过滤空气，避免污染.棉塞应采用普通新鲜、干燥的棉花制作，不要用脱脂棉，以免因脱脂棉吸水使棉塞无法使用.制作棉塞时，要根据棉塞大小将棉花铺展成适当厚度，揪取手掌心大小一块，铺在左手拇指与食指圈成的圆孔中，用右手食指插入棉花中部，同时左手食指与姆指稍稍紧握，就会形成1个长棒形的棉塞.棉塞作成后，应迅速塞入管口或瓶口中，棉塞应紧贴内壁不留缝隙，以防空气中微生物沿皱折侵入.棉塞不要过紧过松，塞好后，以手提棉塞、管、瓶不下落为合适.棉塞的2/3应在管内或瓶内，上端露出少许棉花便于拔取.塞好棉塞的试管和锥形瓶应盖上厚纸用绳捆札，准备灭菌.
6、制作斜面培养基和平板培养基
培养基灭菌后，如制作斜面培养基和平板培养基，须趁培养基未凝固时进行.
(1)制作斜面培养基.在实验台上放1支长0.5～1米左右的木条，厚度为1厘米左右.将试管头部枕在木条上，使管内培养基自然倾斜，凝固后即成斜面培养基.
(2)制作平板培养基.将刚刚灭过菌的盛有培养基的锥形瓶和培养皿放在实验台上，点燃酒精灯，右手托起锥形瓶瓶底，左手拔下棉塞，将瓶口在酒精灯上稍加灼烧，左手打开培养皿盖，右手迅速将培养基倒入培养皿中，每皿约倒入10毫升，以铺满皿底为度.铺放培养基后放置15分钟左右，待培养基凝固后，再5个培养皿一叠，倒置过来，平放在恒温箱里，24小时后检查，如培养基末长杂菌，即可用来培养微生物.
