如果与发展中国家食品加工的平均水平相比，也许差距并不大，甚至某些产品的加工水平更高。但是，中国作为正在崛起的发展中大国，食品加工企业在国际市场上大量出口的食品，主要是与发达国家的食品加工企业直接竞争；国内市场上又主要面对发达国家食品加工业的跨国公司直接竞争。因此，从现实的国内外市场竞争对手出发，中国食品加工业不得不直面发达国家先进企业的挑战；国内外竞争实力的悬殊差距，反映了中国食品加工业依然比较落后，需要奋起直追。
2.企业规模小、布局分散，竞争力弱、效益欠佳
食品行业与人们的日常生活息息相关，各地区居民的食品消费习惯存在一定差异，许多食品尤其是注重新鲜消费的食品市场具有明显的地域性，形成市场的自然分割。不少地区或明或暗、形形色色的地方保护主义盛行，人为加剧了食品市场的分割性。中国食品工业囊括的行业门类众多，广阔的食品市场被自然因素和人为因素分割后，容易造成企业数量众多、规模狭小、布局分散的格局。例如，饮料酒行业虽然有一些全国性的龙头企业，但许多地区都建有自己的小酒厂，在大企业的兼并扩张中会遇到不少阻力。
因企业规模小、数量众多，多数食品行业生产设备落后，资源消耗多，经济效益低。食品企业的这种规模状况严重制约了企业竞争力的提高，尤其是面向市场的新产品开发能力被削弱。近些年来，一些行业的食品工业企业兼并重组后，企业规模在扩大，通过引进消化吸收和自身技术改造，提高了装备水平，使竞争力不断上升，效益增加。但是，还有许多其他食品行业和中小企业，生产设备水平依然落后，物耗、能耗偏高，竞争力正在减弱，效益下滑。中国食品企业的能耗、物耗都大大高于国外先进企业。众多小规模企业的存在，降低了食品工业的产业集中度，制约了整个食品行业竞争力的提升。
3.企业研发力量薄弱，技术创新不足
食品工业的研发投入和技术成果转化与全国的总体状况大同小异。国家对食品工业的科技投入本身就有限，又主要侧重于食品科学的基础研究和重大行业共性技术的研究，针对具体食品品种的技术创新和生产工艺创新主要依赖于企业的研发投入。然而，食品行业的企业规模普遍较小，大多数中小型企业的资金有限，主要从事食品生产活动，缺乏研发机构和经费投入。企业对研发的管理比较薄弱，基本上仍处于技术人员自发创造型和投资驱动型相结合的模式，食品加工的关键技术难以实现突破。因此，研发投入不足和管理方式落后，致使食品工业技术创新不足，从而造成产品品种少、档次偏低、技术含量不高。
目前，食品工业新产品产值比例很低，食品工业新产品开发主要面临以下问题：一是忽视市场和消费者需求研究，更多地将其变成一个企业内部的技术管理过程；二是把新产品开发只看成研究与开发部门的职能，而与财务、采购和生产等部门的人员无关；三是新产品开发的动力单一，主要来源于企业家；四是新产品开发游离于企业战略之外。什么产品“火”就开发什么产品，不顾市场环境和自身的定位，最后几乎毫无利润可言；五是缺乏一套完善的消费者（市场）需求分析机制和方法体系，缺乏一整套产品开发的科学程序，导致新产品“成活率”不高。
4.食品安全形势依然严峻，治理监管缺乏长效机制
尽管中国食品安全质量逐年提高，但人们对食品安全的关注程度上升得更快，反衬出食品安全问题与人们的预期目标差距扩大，形势依然严峻。特别是某些与人们日常生活密切相关的食品安全状况不容乐观。
