随着人们对食品安全的日益关注，各种问题不断暴露出来。农业种植、养殖业的源头污染没有得到有效遏制。食品生产经营领域存在众多食品安全隐患。目前，中国食品行业还缺乏生产加工环节的强制性安全标准，也缺乏相应的外部力量驻厂监督机制，主要靠企业内部实施食品质量监控。这就为一些企业特别是管理不够规范的中小型食品企业，逃避食品安全责任留下了制度监管漏洞。
食品市场准入机制尚未全面建立。中国的食品安全长期以来主要依靠事后处罚机制来维持。而国际机制则借助原则性较强的部门性食品质量管理法规和一些行业性管理规章制度，主要采用事前动员宣传的周期性食品质量执法检查，并配合某些突发性食品安全事件引发的突击性检查，来保障社会公众的食品安全。近些年来，中国借鉴国际经验，从事后处罚向事前监督和事后处罚并举过渡，建立食品安全市场准入机制。
5.食品工业与前向产业衔接不力，食品工业竞争力提升受限
食品工业的发达程度取决于产业链各环节的竞争力，不仅决定于食品工业本身的企业组织效能和技术研发能力，还取决于前向的投入原料的农业、投入生产设备的装备制造业以及后向的包装、运输、储藏、销售等行业的整体竞争力。目前，影响中国食品工业竞争力的关联产业主要为两大前向产业，即生产食品原料的农业和提供生产设备的装备制造业。
目前，中国食品加工与农业发展之间的联系尚处于初级的供需阶段，即农业生产什么，食品工业就加工什么。相应的农产品品种改良和品质的提高，没有与市场消费和食品加工有机地结合起来。食品工业之所以同原料性农业的产业链结合不力，关键在于中国农业发展比较落后，生产以小农经济为主，农户众多、生产规模狭小、布局分散，商品化和专业化生产不足，农业产业化程度较低，难以满足食品工业对标准化、专用化农产品原料的需求。
加工和制造食品的设备落后，直接削弱了中国食品工业的竞争力。中国食品装备的制造水平低、种类少，主要制造一些低附加值的普通机械设备。技术含量高、可带动食品工业技术升级的关键设备主要从国外引进。传统的技术装备生产出的传统食品，只能拥有不断萎缩的传统市场，很难适应不断变化的食品市场需求。食品装备制造业落后，是中国装备制造业整体不发达在食品行业的反映。装备制造业是决定一国工业实力的核心，其所涉及的工业门类广泛、产业环节众多、生产工艺复杂、技术集成度高。没有雄厚的现代工业基础作支撑，是不可能成为装备制造业强国的。中国作为发展中国家，现代工业体系尚在建立之中，工业基础还不够雄厚，数控机床、精密铸造、精细化制造和高技能产业工人等制造业的关键环节还比较薄弱，制约了包括食品在内的装备制造业的发展。发达国家为保持本国食品装备和制造技术的领先地位，凭借其垄断优势，在一定时期内不允许将一些先进的食品装备和制造技术转让，势必延缓中国食品工业的发展进程。
6.不同行业品牌成熟度差距大，城乡市场的开发力度失衡
在食品工业涵盖的各类行业中，与终端消费越接近、消费者越重视、市场化程度越高的行业，市场竞争激烈，广告效应明显，品牌认知度集中，全国或区域性知名品牌就越多。例如，乳品、食用油、方便食品、瓶装水、果汁饮料、火腿和烟酒等行业，其知名品牌很多，行业的国内品牌发育比较成熟。
