1、酸沉碱提法。
这是一种传统的分离提取方法。该法是利用大豆中大多数蛋白质在等电点(pH415) 时沉淀的特性，与其他成分分离，沉淀的蛋白质经调节pH 后溶解，因此称之为酸沉碱提法。酸沉碱提的缺陷是: 耗酸、耗碱量大，废水处理费用高，产品收率低。该分离提取方法有待改进。但目前仍然是工业化生产的基本方法。
2、膜分离法。
根据大豆蛋白的分子量大小、形状及膜与大豆蛋白的适应性，选择膜材料和不同截留分子量的膜，对大豆蛋白提取液超滤分离，超滤净化，使非截留组分排除，达到符合标准的分离大豆蛋白液，接着将净化后的大豆蛋白提取液超滤浓缩到所需的浓度后出料，喷雾干燥成粉状大豆分离蛋白。
3、反胶束萃取分离法。
反胶束是表面活性剂在有机溶剂中形成的一种聚集体，其中表面活性剂的非极性尾在外，与有机溶剂接触，极性头在内，形成极性核，该核具有包含水溶液和溶解蛋白质的能力，因而可以用此含有反胶束的有机溶剂从水相中萃取蛋白质。利用反胶束技术从全脂豆粉萃取大豆蛋白，可一次萃取50 %左右。大豆蛋白萃取过程非常快，用非扩散模型解释较为合理。
该法需要的主要仪器有:自动水分测定仪、气浴恒温震荡器、离心机、凯氏定氮仪、分析天平、恒温磁力搅拌器和微量进样棒等。
影响反胶束萃取过程的主要因素有表面活性剂的种类及浓度、水相的pH 值、离子强度、温度等。
反胶束萃取技术的优点是:选择性高、操作方便、放大容易、萃取剂(反胶束) 相可循环利用、分离和浓缩同步进行。其缺点是:蛋白质在现有反胶束体系中稳定性不高，导致萃取前后蛋白质的活性损失较大，因而制约其工业化应用。
4、反相高效液相色谱法
这是对大豆蛋白中7 S 和11 S 球蛋白进行快速分离的一种方法。在分离条件为40 ℃、流速1mL/ min 的条件下，9 min 可完成相应球蛋白的分离。具体方法为:
（1）试剂与试样。乙腈(CAN) (HPLC 级) 、三氟乙酸( TFA) (HPLC 级) 、HPLC 级水用于移动相的制备。Tris (三甲基氨基甲烷缓冲剂) 和2 —巯基乙醇(分析级) 用于分离大豆蛋白。大豆蛋白分离样本可为组织化蛋白、大豆粉、豆奶、强化婴儿大豆，使用前均测定其蛋白质含量。样品溶于水，然后于注样前用0122μm 经无菌处理的多酚滤纸过滤。全部样品和标样保存在3 ℃或冰冻条件下，样品溶液在分析当天现配，并保存在冰上备用。
11 S 和7 S 大豆球蛋白在0130 % mol/ L Tris -HCl 缓冲液和含有0101 mol/ L 22巯基乙醇条件下，经高速离心(10000 r/ min) 分别于各自的等电点(pH614 和pH 418) 析出。
（2）高效液相色谱。Hewlett - Packard1090 II型色谱仪，带有一个二极管倍增器和HP 9153C 型数据检测系统，每次进样20μL 。分离在PLRP - S柱(150 mm ×416mm I. D. ) 中进行，柱中填有多聚苯乙烯- 二乙烯苯颗粒( 300 ! ， 8 μm) ， 柱留时间(117 min) 通过不被吸附的尿嘧啶测定，蛋白质通过254 nm 紫外吸光值测定。缓慢流动相A 为011 %三氟乙酸( TFA) 水溶液;快速流动相B 为011 % TFA 乙腈溶液。移动相经0145μm 尼龙过滤器过滤，用少量氮气排气。
该法的特点是不能用于区分7 S 和11 S 大豆蛋白，只适用于大豆蛋白产品的快速定性检测。
