利用大棚栽培西瓜，常发生炭疽病和菌核病，生产上需从播种期就开展防治。炭疽病 采用农业措施预防，如实行轮作、增施磷钾肥、开深沟排水、畦面铺秸秆等。种子可用福尔马林100倍液浸种30分钟，清洗后播种。根据发病规律，在幼苗期喷一次药，伸蔓后至结瓜前用甲基硫菌灵连续防治2次，结瓜后每隔7～10天喷一次甲基硫菌灵，连续防治3～4次。重病田可混喷0.3%～0.4%磷酸二氢钾溶液。其他适用药有多菌灵、代森锌、1∶1∶200倍波尔多液等。
菌核病 避免连作，最好与非瓜类作物实行2～3年轮作。有条件的实施水旱轮作，选择排水良好的沙壤土地种植，同时选用耐病品种。加强栽培管理：基肥以鸡粪、饼肥、优质复合肥为主，平衡配方施肥；开好田间“三沟”，不能大水漫灌；及时整枝打杈，降低田间郁蔽程度。田间发现少量病株后及时拔除，减少菌源，改善通风透光条件，西瓜收获后彻底清理病残体。发病初期用50%速克灵可湿性粉剂1000倍液喷雾，每隔5～7天一次，连续防治2～3次。遇连续阴雨天气或棚内湿度过大时，可用15%腐霉利烟熏剂熏烟，每亩用药200～250克。
