大棚蔬菜是在特定的环境下一种高投入高产出的生产方式。但调查结果表明，不少农户在施肥时认为只要多施肥就能获得高产，因而化肥的施肥量超过正常许多倍，这不仅造成了物力和人力的浪费，而且对大棚生产带来了明显的负面影响。因此，大棚蔬菜施肥必须讲究合理施用。
施肥不合理的表现有机肥随意施。有人认为冬季气温不高，可以施用未经充分腐熟的有机肥，岂不知在大棚里腐熟时，有机肥会产生热量烧根，造成蔬菜生长不良；有人在施用人粪尿和鸡粪肥时，常将其晒干再施用，结果造成大量的氮素挥发损失。
在施用碳铵时随水撒施，结果进水口处肥料浓度高，作物长势不均匀。而当温度升高时，氨气从土壤中逸出，熏伤作物下部叶片，造成肥害。
在碱性菜地里施用钙镁磷肥，解决不了作物苗期对磷的吸收利用。因为钙镁磷肥是弱酸性肥料，只有在弱酸性土壤条件下施用，逐步转化为水溶磷酸盐才能被作物吸收，在碱性土壤中施用钙镁磷肥，而不施用过磷酸钙，结果造成苗期的生理性缺磷。
尿素施后立即浇水，结果造成尿素随水流失，降低肥效，因为尿素是酰胺态氮肥，易溶于不，施入土壤后一般要经过3-5天的分解才能变成碳酸氢铵，被蔬菜吸收利用，施后马上浇水白白浪费了肥料。
过多偏施肥料，特别是化肥中某些元素的大量存在，会在元素间产生拮抗作用，造成部分肥料元素的不足，从而影响蔬菜正常的生长发育。过量施用肥料不仅会造成肥料流失，污染水源，而且会引起大棚蔬菜熏苗、黄叶和烧根、萎蔫、幼苗不长或疯长等现象。
提高肥效的措施
有机肥充分腐熟后施用。用饼肥作基肥，必须在施前20-25天用热水或人粪尿液浸渍发酵后再施用。用含盐量较高的鸡粪作基肥，必须发酵后使用，不宜长期施用，否则会造成土壤的返碱现象，使土壤板结碱化。用秸秆作基肥，最好在使用之前2-3个月堆沤腐熟发酵后，留作冬棚施用，即使在堆肥中加入酵素菌，腐熟时间也需40-50天，因此要及早准备。
改用过磷酸钙集中施作基肥。过磷酸钙是酸性磷肥，宜施入棚土为碱性的土壤中，一般在移栽行开8厘米深沟，撒入后覆土4-5厘米，然后在浅沟内移栽作物，防止磷肥易被固定和在土壤中移动性小的弱点。
碳酸要深施。碳铵是生理酸性肥料，施后会增加土壤的酸性，破坏土壤结构，因此追肥时应在施作物根茎8-10厘米处开10厘米深沟，撒肥后用土盖严，不仅可防止挥发伤苗，而且可提高利用率10%-30%。
尿素早施深施和根外追施。棚室施用尿素应提前施和深施，一般要求是棚温在15-20℃时提前7天；棚温在20-25℃时提前5天。追肥时开 8-10厘米深沟，施后立即覆土，根据棚温施后隔5-7天浇水，使其在土壤中有足够时间氨化，供作物吸收利用，在生长期可用0.3%尿素溶液作叶面喷肥，每7天1次，每亩用肥液75-100公斤，连续2-3次。
杜绝施用含氯复合肥。绝大多数蔬菜都是忌氯作物，施用含氯复合肥容易引起蔬菜根系生长受阻，植株生长不良，严重时还会导致死苗。因此大棚蔬菜提倡施用硫基复合肥。
