食药用菌品同众多的农产品一样都有着各自的最佳成熟期，如采收过早或过晚都会直接影响其产品的品质和产量，因此，适时地科学采收食药用菌品，对于提高其经济效益起着至关重要的作用。
一、黑木耳的科学采收
正常管理30天左右，耳片已充分展开，达到生理成熟，即可采收。采收时要将一个菌袋上的所有木耳一次性全部采下，采下的木耳将根部清理干净后，可摊放于架起的沙网或草帘上晾晒干。第一茬采收后气温如还在20℃左右．可按第一次的管理方法管理，可望采收第二茬。
二、灵芝的科学采收
当灵芝菌柄长出袋口，条件适宜时，便很快形成菌盖。灵芝子实体生长初为白色，后变为黄色，经过2～3个月就为紫色、褐色或红色。当菌盖边缘不再生长（边缘无淡黄色圈）时，菌盖下端子实层内长出棕红色孢子时，子实体已成熟，即可采收。采收前，应注意收集子实体放出的孢子，以便生产孢子粉。采收时手捏菌柄，轻轻拧下．然后剪去菌柄下端带有培养基的部分，及时烘干成晒干。
三、猴头菌的科学采收与加工
1采收。当猴头子实体长满刺毛，开始弹时孢子时，要及时采收，过迟会使子实体有苦味。采收的方法，用弯形利刀从柄基割下即可采割时，菌脚不宜留得过长，太长易于感染杂菌，而且也影响第二茬猴头菌的生长但也不损伤菌料，一般留菌脚1厘米左右为宜
2．加工。采收的猴头菌．可以鲜销，也可晒干、烘干或盐渍贮存（1）晒干将采收的鲜猴头菌，切去菌蒂部分，排放于竹帘上，置烈日下暴晒．先将切面朝上晒一天后，再翻转过来晾晒干。（2）烘干将采收的鲜猴头菌，风干1～2天后，按大小分别烘烤，烘烤温度应从40℃逐渐提高到60℃，直至烘干。干品含水量为10％～13％，并要求保持菌刺完整，冷却后及时分装于塑料袋密封保藏，（3）盐渍将采收的新鲜猴头菌，切去有苦味的菌柄，用清水漂洗，除去灰少，放入0．1％柠檬酸水中煮沸10分钟，捞出再放入清水中冷却，淋水后，加入25％（按猴头重量）的精盐，层层加盐，储于池中或包装桶中，7天时倒池或桶一次，并加足饱和盐水（即每50千克水加17．5千克盐，熬开后冷却为饱和盐水），并用1～2厘米厚的盐粒封口。
