卤虫卵的采收季节一般是在秋天，但春天也有少量卤虫卵可供采收。除了美国加州莫诺卤虫产沉性休眠卵外，其他地区多数卤虫产生出的休眠卵均为浮性卵。卵常被风浪冲积到岸边堆积在一起，呈浅红褐色。可直接从岸边刮取，或用特制的小抄肉，在下风处捞取漂浮于水面或悬浮水中的卵。如果用于收集被风吹到岸边的卤虫卵，一般常用方形的小抄网（网口40目、网袋90目），如果用于收集水体中的卤虫卵，常用圆形的小抄网（上面40目、下面90目）。另外，也可在池边挖坑或构筑浮栅，使卵集中在局部水体中，以便采收。
刚采集的卵切忌堆积，一般要经过如下的加工步聚：
清洗：清洗一般用锥形桶，先用淡水冲洗，再用海水冲洗。冲洗的主要目的是除去杂物、卵壳及表面上的污物。
脱水：湿卵脱水的方法一般是先离心，后阴干；而干卵，则应先低温后真空干燥。（使卵的含水量保持在2%-8%范围内）
晾干：在晾干过和中，要防止温度过高（不超过40度）和在阳光下曝晒。
筛选：用不同孔径的筛网分层过筛。
包装：真空或充氮密封包装。
贮存：湿卵要冷库保存，同时，在-18度下放一周，再在常温下放一周。对于干卵一般低温贮存即可。
经过以上步聚处理的卤虫卵，贮存数年，卵化率仍可保持70%在右。
