1.杜绝虫源 危害木耳的害虫有白蚁、谷蛾、长角谷盗等，这些害虫常常在仓库缝隙、堆放的杂物等处越冬。因此，在贮藏木耳前，应清除室内杂物和室外杂草，并用80％敌敌畏乳油进行空仓消毒，用量一般按每平方米0.2～0.3g计，用纱布条浸药液挂于室内，密闭2～3天后再通风1天，即可装木耳入仓。最近在仓库周围撒施石灰粉，防止室外害虫进入室内。
2.防止受潮 木耳受潮后，极易导致虫害，因此，进库前必须干燥处理，使木耳含水量不超过12％，再装入塑料袋或铝罐中，密封后置于衬有防潮纸的木箱或纸箱内，箱内可放入干燥剂(干木屑或生石灰等)。每隔10～15天检查1次，若干燥剂已吸湿，应取出晒干或烘干后再放入箱内，若木耳回潮，应及时取出重新干制。
3.及时杀虫 如果贮藏期间发现害虫，应采取措施及时杀除。一是将木耳在强光下曝晒1天或用烘干机在50℃烘40分钟即可杀灭害虫；二是密封仓库20天以上可全部杀死害虫；三是在仓库采取抽出氧气输入氮气，或向室内灌注二氧化碳气体等使室内含氧量降至2％，经2天，害虫会全部窒息而死。
4.闭仓熏蒸 在贮藏期害虫大量发生时，应采用熏蒸剂对仓库密封熏蒸，此法短期内见效明显。常用的熏蒸剂为磷化铝，一般每立方米用量6～9g，分散放于仓内，12℃以上密闭96小时，熏蒸结束后通风散气10天以上即可。
