清洗就是把工厂和加工设备的污物去掉。“污物”确切地说是存于食品接触表面为细菌生长所需的营养物质，包括脂肪、碳水化合物、蛋白质和矿物质。消毒是在清洗之后，用消毒剂破坏微生物的繁殖体，，进而减少其它微生物的数量。但要切记设备未经“清洗”，消毒剂时不能发挥作用的。
一般而言，有两种清洁方式，即人工和现场清洁(CLEAN-IN PLACE)。人工清洁不只是意味着一把刷子和水桶，包括选择正确的清洁器材和适用机械清洁方式以去除食品接触表面的污物，还包括发泡剂等。没有合适的清洗设备，只用刷子和人工很难清洗许多加工设备。
现场清洁体系是通过使用循环清洁管子和设备进行清洗和消毒的方式。设备不能轻易拆开，但现场清洗要确实。在使用清洁设备之前，必须去掉食品碎屑，否则就会降低清洁的有效性。
要去除污物，必须具有充分的水源供应。理想的水源供应是无微生物、中性pH值和低矿物成份。一些加工厂可能必须对水加以处理才能使水质达到要求。清洗消毒用水最好包括热水和冷水，而且压力较大。对人工清洗来说，热水的温度应最低82℃或更高。然而需要注意的是当温度超过50℃可能导致一些蛋白质和其它污物变性而粘到在要清洁的表面。水温合适有助清洁剂去除脂肪、碳水化合物、蛋白质和矿物质。清洗每种污物对清洁剂的有效性都是挑战，清洗的对象不同，用的清洗剂不同。
碱/氯碱：脂肪、蛋白质、碳水化合物
酸：矿物质
清洁剂在清洁中有几种辅助功能。一些是降低水的硬度，另外可以结合水中的金属离子，增加湿度能力，或乳化脂肪。例如，使用碱或氯碱清洁剂以去除脂肪、蛋白质和碳水化合物，用酸性清洁剂以可降低矿物质等等。重要的是，查看标签说明并验证此清洁剂是去除污物的。
清洁程序：
清洗
冲洗
消毒
三个间隔的洗涤槽用于清洗、冲洗和消毒。第一个洗涤槽用于清洗设备，是清洁剂使用之处。清洁剂的作用是松散并去除固态物体和微生物。为达到清洁剂的全部效果，使用机械清洁也是很重要的。第二个洗涤槽装满清水，用于冲洗清洁剂和那些被清洁剂松散的固态物体，其影响消毒效果。第三个洗涤槽是用于消毒的。
消毒方式：
化学剂
加热
辐射
基本上有三种方式来消毒：化学剂；加热；或辐射。因为辐射在加工厂环境下对于设备消毒不现实，只有加热和化学剂消毒是可讨论的。
化学消毒方式是最普遍的消毒方式。有四种：氯、碘、季铵和酸。氯是最普遍的，但碘、季铵或四价化合物及酸也常用。能影响消毒剂作用的因素包括时间、pH值、温度和水的硬度。
对pH值，一般说消毒剂的有效性随pH的增加而增长。除了四价化合物，对碘、氯和酸性消毒剂来说，对所有的消毒方式，温度越高，消毒就越有效。在较高的温度下氯和碘作为气体开始由消毒剂解决方式脱离出去。加热能加速化学反应，降低表面张力。
每一种消毒剂最低有效性是不同的，可根据说明使用。
氯是最广泛使用的消毒剂。氯在下列接触时间和水温时最有效。
49℃或更高：25ppm氯的接触时间为10秒。
37.7℃和49℃之间，50ppm氯需7秒钟。
37.7℃以下：100ppm氯需10秒钟。
碱性高的水（指pH10.0以上）这些数值有的可能改变。
碘要求12.5ppm浓度溶液要有效条件为最低24℃水温和30秒的接触时间。
季铵要求150-400ppm的溶液有效条件为最低24℃的水温和30秒的接触时间。水的硬度可能影响四价化合物的消毒剂。在使用此消毒液之前应知道水的硬度。
最低溶液浓度 最低温度 最少接触时间
氯25ppm 49℃ 10秒
氯50ppm 37.7℃ 7秒
氯100ppm 12.7℃ 10秒
碘12.5ppm 24℃ 30秒
季铵150-400ppm 24℃ 30秒
摘自1997年食品法典，下列标准也适用。
上述介绍：碱溶液
