通过加工控制可确保食品安全，加工控制就是控制食品在加工设施和车间内的流程。
但加工控制必须符合必备的程序，建立在一定的基础上。这包括：卫生、良好操作规范(GMP)、培训、产品回收程序和设备维修保养计划等。这里重点讲卫生和良好操作规范。
确保食品在卫生状态下加工最重要的是卫生操作，包括八个方面，适用于所有食品种类的零售商、批发商、仓库和生产操作。下面分别说明卫生操作的八个方面:
一、水的安全
水的安全是直接与食品或食品接触表面接触或用于生产的冰和水质和水处理，包括防止饮用水和非饮用水系统的交叉污染。
食品加工者必须在适宜的温度下能保证足够的饮用水资源。关于井水，各级政府多有相应的要求，如认可了水井的构造和定期检查大肠菌群总数和其它影响水质的成份。井口必须远离水井以促进适宜的排水，应密封以禁止污水的进入。
水泵设计必须合理，防止虹吸, 使废水和污水倒流入上水管造成交叉污染。在检查时，要沿上水管道和废水管道进行检查，判定是否造成交叉污染。
加工操作中易造成交叉污染的关键区域包括：
水龙头：需要典型的一个真空中断器或其它禁止回流装置以避免产生负压情况。当在水管中排出空气后产生负压，由通常的正压改变至负压力。所以，如果水管中浸满水，而水管没有防止回流装置保护，脏水在地面上或槽中可能被吸入饮用水中。
清洗/解冻/漂洗槽：水不应进入低于水边缘的槽中。再者，如果是负压状况，清洗用水可能有吸入饮用水供应系统。在这些情况中，在进水管和槽边缘之间必须有两倍于进水管直径的间隙以防止虹吸。
当冰与食品或食品接触表面相接触，生产和储藏必须卫生。食品及不卫生的物品不能同存于冰中。制冰机内应经常检验以保证清洁，不存在交叉污染。
二、食品接触表面的状况及清洁
食品接触表面的装况及清洁包括设计、工艺、原料、维护、清洁和卫生，以及手套和衣服。
食品接触表面在使用中断时，在预备加工之前需要清洁，为了安全必要时进行消毒。要注意此时的关键是必须首先清洁，然后再消毒。
食品卫生检查者为判断是否清洁时，需要察看难清洗的区域和产品残渣可能出现的地方，如加工台下或操作台的排水管内等产品残渣聚集、微生物繁殖的地方。
食品接触表面设备的设计和安装应易于清洁，这在卫生中极为重要。设计的设备应无粗糙焊缝、破裂或凹陷，防止细菌免于清洁或接触到消毒剂。在不同表面连接处应具有平滑的过渡区。设计时要考虑到设备的所有部件，从外到里要求一致。
另外，如果设备设计得很好，但实用性差，经过刮擦而造成坑洼不平以致于难以充分清洗，这种设备应修理或重新设计安装。
食品接触表面的设备必须用适宜的材料制作，如木头这种为多孔状、难于清洗的材料不能用做为食品接触表面。食品接触表面是食品可与之接触的任意表面，如食品与墙壁相接触，那么这堵墙是一个产品接触表面，设计、维护和清洁应符合同样的要求。
其它产品接触表面还包括加工人员接触其他污染物而未经清洁和消毒的手，然后接触食品的。这些污染物如不能充分清洗和消毒的降温设施和休息室的门把、垃圾箱和原材料包装。
手套也是食品接触表面，需要由一种适宜的材料制成并维持在一种合适状态。手套解决不了关系到产品的卫生状况，它们能传播细菌。手套和手一样,清洁和消毒同等重要，但比手更易于清洁。若手套维护不适当，有破洞，也成为产品的污染源。
不使用时，手套的贮存也是一个问题，必须贮藏于不被污染的地方。处理即食产品禁止使用手套，因为可能会导致产品的二次污染。
如使用手套的话，应有清洁和消毒的程序。加工厂也应提供清洁加工人员的外衣，大街上穿的衣物不能与食品接触。
三、防止交叉污染
防止交叉污染涉及到厂房的设计，人员的卫生操作规范，原料和熟食产品的物理性隔离等。
1．人员卫生：
手进行适宜的清洗和消毒能防止污染。清洗手的目的是去除感官存在的物质和可传播的细菌，所以消毒能有效地减少和消灭细菌。但如果人员戴着珠宝或其物品，手的清洗和消毒将不可能有效。感官上存在的物质藏于皮肤和珠宝或戒指之间——
