关于中国的铁酱油项目，WHO评估报告的主要分析依据是两篇论文。第一篇论文以中国疾控中心食品所在贵州毕节开展的“双盲安慰剂对照干预实验”为基础，该实验自2000年开始，为期18个月，涉及14000人。论文第一作者为陈君石，2003年首次在国内《卫生研究》增刊上发表。第二篇论文则以在河南南阳开展的一项3个月的人群干预试验为基础。论文发表于2001年9月的《卫生研究》，第一作者为中国疾控中心食品所研究员霍军生。
在各类证明铁酱油效果与安全性的文章中，这两篇论文的引用最为广泛。但它们同样遭到了鲍善芬等人的质疑。
质疑的焦点之一是，“铁强化酱油是否影响了儿童的生长发育”。从关于贵州毕节的研究论文可见，服用铁酱油组的身高、体重增长的绝对值不及未服用铁酱油组。对此，鲍善芬称，“有上海的儿科专家就曾说，为什么吃了铁强化酱油的小孩身高比较矮？就是EDTA的络合作用，干扰了锌的吸收。”
不过，该论文作者之一，中国疾控中心食品所研究员霍军生对财新记者表示，并不以身高、体重增长来衡量儿童发育情况，而以“儿童Z评分”变化为衡量标准。该论文指出，“干预组的身高和体重在基线调查时虽低于对照组；但是，一年后干预组的年龄别体重、身高别体重和年龄别身高的Z评分均高于对照组；但只有年龄别体重有统计学显著性。”
财新记者发现，关于贵州毕节试验的论文分别提供了“3-6岁儿童身高和体重的变化”和“3-6岁儿童Z评分变化”两张表格，但同一篇论文里，两张表格中对照组和干预组的人数却截然不同--后者总数不足200，而前者总数超过300。究竟有多少3-6岁儿童参与了试验？该论文中并未提供答案。
事实上，“数据为何发生变化”也是鲍善芬等人质疑的另一个焦点。对于另一篇关于河南安阳试验的论文，前述WHO报告也提出了疑问。“委员会注意到，这一研究报告是不准确且缺少细节的。” JECFA委员会指出，“（报告中）这三所学校的4008名符合条件的学生中，有304名被诊断为贫血或缺铁性贫血，从当地贫血发病率计算，应该有600多人贫血，但是他们补铁前平均血清铁蛋白水平在42至48ug/L，说明并不缺铁。而且，虽然有304人参加了此项研究，却只有240人有结果，研究报告中并没有说明原因。”
对此，该论文第一作者霍军生对财新记者表示，“尽管按发病率有600多人贫血，但我们仅选取其中的部分进行了试验，这是符合试验规范的”；“血清铁蛋白水平并不是衡量是否缺铁的‘金标准’”；“现场试验不同于实验室的试验，参与人数和持续观察均不可控制，试验人数出现减少也是正常的”。
霍军生还强调，WHO报告中，JECFA委员会提出的疑问，并不是在评价论文本身，而是指这一论文不能为他们所要作的结论提供更多证据。“这篇论文既然能够发表在国际学术期刊上，其学术价值已经被期刊的编辑所认可了。”
“维他系”公司与疾控中心有染？
另一个不容忽视的事实是，本刊记者发现，作为公共卫生公益性事业单位的疾控中心食品所，和铁酱油原料的指定生产企业有着千丝万缕的利益关联。
疾控中心食物强化办公室网站上数篇文章称，“北京维他公司生产的依地®铁（NaFeEDTA），是卫生部批准的惟一可用于酱油强化的铁营养强化剂”。
与之对应，“北京维他公司”在宣传网页上也称：“1998年5月，VITA公司NaFeEDTA产品经CCDC（疾控中心）审定后，确认为中国铁强化酱油干预铁缺乏和贫血项目的NaFeEDTA供应单位。VITA公司成为项目参与单位。”“公司参与和支持正在进行的相关国家标准的制定工作。公司从1999年开始参与我国‘铁营养强化酱油项目’的研究推动工作，为1999年NaFeEDTA被卫生部批准作为食品营养强化剂使用和2002年批准在酱油使用做出了贡献。”不过，该网站11月19日后便无法登录。
但是，在北京的各级工商机构，记者未能找到“北京维他公司”的登记备案资料。根据“北京维他公司”在其网页上留下的地址和相关信息，“北京维他公司”有可能是两家公司——“北京维他营养保健品公司”和“北京维他科技有限公司”。
工商资料显示，“北京维他营养保健品公司”是食品所的全资子公司，成立于1993年，目前仍为“全民所有制”，第一任法人代表为殷泰安，现任法人代表为食品所研究员杨晓光。业务范围最初为“加工制造复合营养素”，目前则为“生产保健食品（异地）；技术开发、技术咨询、技术服务、技术转让；经营保健食品；销售食品添加剂。”
一家招商网站对“北京维他营养保健品公司”如此介绍：“在政府的大力支持下，通过与多家国际组织合作，公司成功地将营养与食品安全所的研究成果开发为新型铁营养强化剂——依地®铁，该产品获得中国发明专利 ，并于1999年被卫生部批准为食品添加剂。”
财新记者就此致电食品所研究员杨晓光，他说，“我不太清楚。”
而据一位前食品所研究人员透露，“国家当时鼓励事业单位自己想办法搞创收、发奖金，所以成立了这个公司。”
根据“北京维他公司”网站上留下的位于大兴的地址，记者找到了“北京维他科技有限公司”。工商资料显示，该公司成立于1999年，原名为“北京恒毅利科贸有限责任公司”，发起人之一是食品所研究员霍军生。2002年，该公司就“经营范围”申请变更，增加了“真实补铁口服液”。这一口服液的原料正是NaFeEDTA。
在向霍军生求证此事时，霍军生说：“这个公司和我没有任何关系。”
但财新记者发现，“北京维他科技有限公司”的股权曾几经变更，2006年后由五人共同所有。其中四人——霍军生、孙静、黄建、于波均为食品所研究人员，而且是多篇有关铁强化酱油干预效果研究的论文作者。孙静的另一个职务是“中国疾病预防控制中心食物强化办公室副主任”；另一位股东、担任法人代表的王汝华则是“安利（中国）公共事务经理”。
