棚室秋茬番茄由于花芽分化期和开花座果期分别处于控温、遮荫条件与比差很大的高温、强光、低湿度的定植条件下，因此就相应需要较精细的生产管理措施。否则就容易出现畸形果问题。通常我们见到的裂果和僵果现象比较多。但一部分在育苗期过度遮荫的秧苗，在结果始期和末期还容易出现空洞果现象。一般而言，番茄果实横裂、顶裂的先天原因是开花期对花器供钙供硼不足引起的。而低温干燥也不利于钙、硼的吸收故低温时裂果也非常严重。当棚室管理条件失衡，番茄植株短时段会回复到营养生长旺盛的状态，也一样会引发裂果现象。僵果则是由于番茄开花时温度、光照等条件不适宜，或本来要落的花，经生长调节剂处理，抑制了离层的形成，勉强坐住的果实，由于得到的光合产物太少，不能膨大，形成了小僵果。同样，空洞果一是因番茄花芽发育过程中，由于高温、日照不足，二是因使用生长调节剂浓度偏大或激素处理过早造成的。我们在田间多见的空洞果，主要由激素使用不当造成的。
针对性管理措施：(1)根据经验，育苗至移栽期间避免高温、过度遮荫及供水过量，这是控制花芽分化条件的关键性时段，均衡的温、湿度及光照条件必须严格满足，才是秋茬棚室番茄中后期正常生长发育的保证。（2）在秋茬棚室番茄上使用激素更需要慎重，无把握时最好先喷小量以观察效果，不然带来的不利后果则会很大。（3）番茄开花结果期除均衡控制环境条件外，如发现有顶裂迹象，就应立即补钙补硼。但通常以喷面肥形式喷施2-3次含钙和硼的肥料即可解决问题。（4）秋茬棚室番茄由于栽培综合环境限制，在第二穗果以上需要及时疏果，密植时每穗留三个果，至多四个。这样才能均衡营养供应，减少营养争夺而形成裂果和僵果的现象发生。
