整形树形以开心形、双层开心形和丛状形三种为主。苗木定干高度在40―60厘米，定干时剪口下10―15厘米范围内有6个以上的饱满芽。定干后一般在6月上中旬，新梢可长到30―40厘米，选定3个主枝，其余新梢全部摘心，3个主枝间隔15厘米左右，均匀分布，相互水平夹角约呈120°，主枝张开角度宜在40°左右，主枝一般剪留长度为35―45厘米。第二年对延长枝进行短截，剪留长度为45―50厘米，选留个主枝上的第一侧枝，第一侧枝距主干30―40厘米，侧枝宜选在斜平侧或斜上侧，侧枝与主枝的水平夹角以50°为宜。第三年对各主枝的第二层侧枝剪留长度50―60厘米，第二侧枝必须在第一侧枝的对面，相距25―30厘米的枝条，最好斜上侧或斜平侧，第二侧枝夹角以45°―50°为宜。
修剪 修剪时间以秋季采收后为最好。冬季修剪枝条易受冻害而干枯，春季修剪，易因伤流过多而减产修剪时一定要根据不同的品种、树龄、树势采取相应的修剪方法，并注意疏缩结合，较少短截，去弱留强，疏弱芽留壮芽。
1、老龄树的修剪：首先清除病虫枝、枯干枝，然后修剪内向枝、交叉枝、重叠枝，最后把树冠周围每一枝条顶端剪去10公分。老树和弱树的修剪，以更新复壮为主，重缩或疏除弱小枝组。充分利用徒长枝，补充残缺树冠，保持适当地结果面积。
2、成年结果椒树的修剪：结果树修剪时，以维持树势健壮，调节花量为主。枝条密挤时以疏为主，疏上缓下，疏除影响光照的多余大枝，保持良好的通风透光条件。对过密、细弱、交叉、徒长或及病虫枝，也要及时疏除，使冠内枝组健壮、均衡，通风透光。注意留枝均匀，后部不要光秃。
3、幼树和初挂果树的修剪：幼苗定植的当年或第二年冬季在基干25―30公分处，剪去顶端；初挂果的幼龄树整形和结果并重，修剪量宜从轻，一般不短截，只进行些撑、拉和曲枝等。留好骨干枝，剪去多余枝，基部萌发枝条留好主枝3―5个，其余从基部剪去。
幼树和盛果期果树宜在秋季修剪，弱树和老树宜在春季。修剪时，注意把干枯枝、过密枝、病虫枝首先剪掉，对病虫枝进行集中烧毁，是防治花椒树腐烂病、叶锈病、根腐病、吉丁虫、瘿蚊和红胫跳甲的有力措施。
