根据氨基酸侧链R基团的极性和解离状态不同，氨基酸可分为4类：非极性R基氨基酸；不带电荷的极性R基氨基酸；酸性氨基酸；碱性氨基酸。
20种蛋白质氨基酸在结构上的差别取决于侧链基团R的不同。通常根据R基团的化学结构或性质将20种氨基酸进行分类
1、非极性氨基酸（疏水氨基酸）：8种 丙氨酸（Ala）缬氨酸（Val）亮氨酸（Leu）异亮氨酸（Ile）脯氨酸（Pro）苯丙氨酸（Phe），色氨酸（Trp）蛋氨酸（Met）
2、极性氨基酸（亲水氨基酸）：
1）极性不带电荷（极性中性氨基酸）：7种 甘氨酸（Gly）丝氨酸（Ser）酪氨酸（Tyr）半胱氨酸（Cys）天冬酰胺（Asn）谷氨酰胺（Gln）苏氨酸（Thr）
2）极性带正电荷的氨基酸（碱性氨基酸） 3种 赖氨酸（Lys）精氨酸（Arg）组氨酸（His）
3）极性带负电荷的氨基酸（酸性氨基酸） 2种 天冬氨酸（Asp）谷氨酸（Glu）
