微生物污染是导致豆制品质量发生不良改变的主要因素。如前所述，豆制品含有丰富的蛋白质、糖类甚至脂肪，且大多数含水量较高，是微生物生长繁殖的理想条件。加之我国的豆制品生产大多数是手工操作，对工艺和设备的要求都不严格，卫生条件差，就容易被微生物污染，而使豆制品发酵、枯干、变馒。如天津市卫生防疫站对于香干的生产、运输，销售等过程中微生物污染的情况进行过调查，发现生豆浆煮后大肠菌群为小于30个／100克，到销售环节时则上升到大于2500个／100克。由此可见，豆制品在生产至销售的各个环节都可被微生物所污染。因此，在豆制生产，运输、销售的各个环节都要严格按卫生要求操作，所有接触豆制品的容器，设备、工具都必须进行彻底消毒，以防止微生物污染。
