在种植马铃薯时，用生物菌肥拌种、作基肥和进行追肥，能使马铃薯发芽快，发芽率高，发芽整齐，芽苗健壮，茎壮叶绿，不受根结线虫、疫病、软腐病、枯萎病为害，结薯早而多，幼薯发育好，不畸形，薯型端正，膨大迅速，淀粉积累多，薯大，植株不早衰，产量和品质都明显提高。具体施肥方法如下：拌种。将马铃薯的种薯纵向切开后，用马铃薯种薯的伤口切面去蘸生物菌肥，使伤口沾满生物菌肥后再种植。或将马铃薯的种薯放入清水中浸泡1～2分钟，使马铃薯种薯湿润后捞起，再去蘸生物菌肥，使马铃薯种薯沾满生物菌肥后再种植。也可以在生物菌肥中加入少量的清水，充分搅拌使其湿润后，再用马铃薯种薯去蘸生物菌肥，使马铃薯种薯表面沾满生物菌肥后再种植。
做基肥。在种植马铃薯时，每亩用生物菌肥80～100公斤做基肥。先挖好种植穴，种下种薯，再在种薯旁边均匀撒施生物菌肥，然后盖上一层厚8～10厘米的泥土，将种薯和生物菌肥全部覆盖住。
追肥。在马铃薯生长发育过程中，分别在植株高25～30厘米时、幼薯开始膨大时和幼薯迅速膨大时，各追施一次生物菌肥，每次每亩施150～200公斤。结合培土，将生物菌肥均匀撒施在马铃薯植株根部周围的土壤中后，培上一层厚8～10厘米左右的泥土即可。
