辣椒根腐病通常病部仅局限于根部和茎基部。植株发育不良，较矮小。后期病株白天萎蔫，傍晚至次日清晨尚可恢复，反复多日后植株枯死。早春和初夏阴雨连绵、高温、高湿、昼暖夜凉的天气有利发病，种植地低洼积水，田间郁闭高湿，茎节受蝼蛄为害伤口多，或施用未充分腐熟的土杂肥，会加重病情。连作地、低洼地、粘土地发病重。
①农业措施：因地制宜种植早熟品种。施用充分腐熟的有机肥，采用配方施肥技术，有降低发病的作用。与豆科、禾本科作物进行3～5年轮作。选用无病种子，从无病果实上采种。在定植前用10毫克/升ABT4号生根粉溶液浸泡辣椒根系，然后定植。定植后温度控制在20～30℃、地温25℃、湿度不高于90％。使幼苗茁壮成长。采取高畦（垄）栽培。避免大水漫灌，雨后及时排水，防止田间积水。灌水和雨后及时中耕松土，增强土壤通透性，促进根部伤口愈合和根系发育。
②药剂防治：发病初期喷洒或浇灌50％甲基硫菌灵·硫磺悬乳剂800倍液，或50％根腐灵可湿性粉剂800倍液，或50％杀菌王水溶性粉剂1000倍液，或50％多菌灵可湿性粉剂500倍液，或50％地灵可湿性粉剂800倍液，或50％甲基托布津可湿性粉剂500倍液，或10％双效灵水剂200～300倍液，或75％敌克松可湿性粉剂800倍液，或40％混杀硫胶悬剂500倍液，每667平方米喷药液50升，隔10天左右1次，连续2～3次。采果前3天停止用药。
