食用菌菌种质量的优劣，直接影响到栽培的成败和产量的高低，只有优良的菌种，才能获得优质高产的食用菌。因此食用菌的制种，是生产中一项极其重要的工艺。
食用菌的菌种按培养阶段和来源的不同，可分母种、原种和栽培种三种。从食用菌的孢子分离培养或从组织分离培养、基内菌丝分离培养所得到的第一代菌丝体，称为母种。从母种扩大培养的菌丝体，称为原种。从原种扩大培养直接用于生产上播种的菌丝体；称为栽培种。
一、母种的分离和培养
（一）母种培养基的配制
1.母种培养基的种类
母种是菌种生产的关键，要求纯度高，不能混生杂菌，同时母种的菌丝体较为纤细，分解培养料的能力较弱。因此，母种菌丝体需要培养在营养丰富，易被吸收，表面光滑易于鉴别有无杂菌感染的琼脂培养基上。适合母种菌丝生长的琼脂培养基种类很多，常用的有下列几种：
2.母种培养基的制法
兹以最常用的马铃薯——葡萄糖——琼脂培养基的制法为例介绍如下：先将马铃薯去皮，洗涤，切成小块，加水1000毫升，煮沸15～20分钟，取双层纱布过滤，取其滤液，加入琼脂和葡萄糖（或蔗糖），用文火加热使其溶化，最后补足水分，使其容量仍为1000毫升。趁热分装于试管中，装量约为试管长度的1/5左右，装管时要注意不使培养基沾污试管壁和试管口。试管口塞上大小合适的棉花塞，塞入试管口内的长度为棉塞总长的3/5。塞好棉塞后，每10支作一捆，用牛皮纸包扎好后，置铁丝网笼中，然后进行高压灭菌。如作为孢子分离用，则将培养基分装于三角瓶或培养皿中，然后高压灭菌。
3.母种培养基的消毒灭菌
母种培养基通常用高压蒸汽灭菌锅来消毒灭菌，常用的高压蒸汽灭菌锅有直式、卧式和手提式三种。将配制好后的母种培养基移入上述任何一种高压蒸汽灭菌锅中，在15公斤/平方厘米压力下，消毒灭菌30分钟。
高压蒸汽灭菌主要是依靠提高蒸汽的温度来灭菌的，因此灭菌时，应将锅内的冷空气全部排除。否则，尽管压力表上的压力已达到要求，然而，灭菌锅内的温度却未达到所需的温度（表11）。排除冷空气的方法是加热后当压力表上指针上升到0.5公斤/平方厘米时，打开排气阀，放气至指针仍回到“零”的位置。灭菌的时间是以排除冷空气后，压力回升到1.5公斤/平方厘米时才开始计算。每次灭菌之后，要等压力降到“零”时，才打开锅盖，否则，灭菌的液体会因突然减压而外溢，玻璃器皿也会因突然降温而破裂。
表11高压灭菌时压力的换算及其与温度的关系
在没有高压蒸汽灭菌锅设备的情况下，可用蒸锅、蒸笼等进行常压灭菌。由于密封性差，压力升不高，温度只能升至102℃左右，因此要连续蒸4～6小时才能达到灭菌的目的。
高压严菌后将试管取出排成斜面备用。
（二）母种分离材料的选择
1.子实体的选择
无论是用作孢子分离或组织分离的子实体，都要从产量高，长势好，适应性强，无杂菌虫害的群体中，选择朵大，生长健壮的单生子实体作为分离的材料。
选作分离的子实体，成熟度要适当，如蘑菇、草菇具有菌膜，最好选菌膜将破而未破的成熟度，这种子实体发育已成熟，子实层又未受污染，因此能很快散出大量的无菌孢子。对没有菌膜或菌膜自幼已破的食用菌，如香菇、平菇等，则以选取八分熟，正在释放孢子的个体为最好；因为刚从担子弹射出来的孢子基本上也是无菌的。
2.菇木和耳本的选择
木生食用菌如香菇、银耳、黑木耳等，可以从它们生长的基质，即菇木和耳木作为分离的材料。选择时，应从野生或人工栽培场所挑选子实体生长健壮，朵大，长势好，菌丝在段木中发育旺盛，材质较为结实，尚未腐烂，一般是接种后一年内已出菇、出耳而无杂菌害虫感染的幼龄菇木或耳木为最好。采去子实体后，截取适当部位，挂于通风处风干后，供分离时用。
（三）母种的分离方法
1.孢子分离法
是利用食用菌的有性孢子或无性孢子，萌发成菌丝，获得细菌种的一种方法。按分离时挑取孢子的数目不同，又分为单孢子分离法和多孢子分离法两种。蘑菇、草菇等由于孢子没有性的区别，采用单孢子分离获得纯菌种，有结实能力，而其它食用菌如香菇、银耳、黑木耳等由于孢子有性别之分，单孢子分离得到的菌丝不能结实，所以，只在育种上采用，生产上很少采用。多孢子分离法，是把许多孢子接种于同一培养基上，让它们萌发，自然交配而获得纯种，操作简单易学，生产上经常采用。由于采集孢子的方法不同又分为如下几种：
（1）采集器孢子弹射法
采集孢子的装置可用玻璃钟罩或玻璃漏斗做成。蘑菇和香菇常用这种方法采集孢子。具体做法是：把玻璃钟罩或玻璃漏斗，放在一个垫有几层纱布的瓷盘上，内放培养皿和不锈钢支架（漏斗内也可倒挂铁丝代支架），上端通气孔用棉花塞住，然后用二层大纱布将整个装置包起来，高压灭菌后；移入无菌室备用。分离时把选好的种菇（八、九分成熟），切去菌柄基部送入无菌室，用0.1％～0.2％的升汞溶液或75％的酒精表面消毒1～2分钟后，放在无菌水中漂洗，除去表面药液，再用灭菌纱布揩手，插到不锈钢支架上或铁丝构上，静置1～2天，菌褶上的孢子大量散落到培养皿内，形成一层粉末状孢子印时，取下种菇，用灭菌的注射器，吸取3～5毫升无菌水，注入盛有孢子的培养皿中，轻轻搅动，便孢子均匀地悬浮于水上，再将注射器插上针头，吸取沉于底部的饱满孢子，注l～2滴悬液于试管斜面培养基，并使其均匀分布于培养基表面。或用接种针挑取少量的孢子直接在斜面培养基上划线。待孢子萌发，生成菌落时，选孢子萌发快，生长良好的菌落，移接到新的斜面培养基上培养。
（2）三角瓶约悬法
银耳、黑木耳常用此法采集孢子。兹以银耳为例，介绍其具体做法如下：选朵大、雪白、无病虫害的新鲜银耳，作为种耳，经无菌水漂洗种耳数次后，用无菌吸水纸把种耳表面的水分吸干。再把种耳切成一小块，以入瓶后不会碰到瓶壁为度，挂在用火焰灭菌过的小金属丝钩（或不锈钢钩）上，迅速悬挂在三角瓶内，注意勿使种耳磁到培养基，以防杂菌污染。塞上棉塞，放在20～25℃条件下，经l～2天，就可看到培养基上形成一个雾状孢子印。此时，以无菌操作把悬挂瓶内的耳片取出，再塞上棉塞，移到20～25℃的室中培养，经2～3天，培养基表面就会出现许多乳白色糊状的白落，就是银耳的分生孢子。
采用孢子分离，要注意控制培养的温度。因为食用菌孢子的弹射与培养的温度有密切关系，如双孢蘑菇孢子弹射最适温度是14～18℃，如培养在25℃条件下，孢子就很难弹出。一般食用菌孢子弹射的最适温度比菌丝体生长的最适温度为低，而与子实体发育的最适温度大致相同。如香菇孢子弹射的最适温度为12～18℃，银耳为20～24℃，黑木耳为20～26℃，平菇为13～20℃。
此外，孢子采集还可采用菌褶涂抹法，适用于野外采种，方法简便，效果也好，即选成熟的种菇，用接种针直接插入褶片间，轻轻涂抹褶片表面尚未弹射的孢子，然后在试管培养基上接种。
2.组织分离法
是用食用菌幼嫩的组织块直接分离培养成纯菌种的方法。选用的子实体先经0.1％开汞水或70％酒精表面消毒后。用无菌水冲洗并用无菌纱布擦去表面水分。分离香菇时用无菌解剖刀自菌柄处切开少许，再用手将子实体掰开为二，在菌盖与菌褶交界处，切取0.3～0.4立方厘米的一小块菌肉，移放在斜面培养基中央。如已开伞的种菇、则选菌盖与菌柄交界处的菌肉。分离草菇时，用无菌解剖刀把菌蕾纵切少许；再用手把菌盖轻轻剥开，在菌柄上方和菌盖交界处，切取1～5毫米的细块，接在斜面培养基中。如种菇已受雨淋，吸水较多，应取菌褶作为接种材料。组织分离后将试管外面放在恒温箱中培养。待组织块周围萌发出菌丝，并向培养基蔓延生长后，再挑取生长健壮的菌丝进行转管培养。组织分离法操作简便，又不易带入杂菌，容易获得纯菌种。但对银耳、黑木耳等胶质菌；因其子实体中菌丝的含量极少，如用组织分离培养，则往往不易成功。
3.基内菌丝分离法
是利用食用菌生长的基质一菇木和耳木作为分离材料，而培养成纯菌种的方法。特别是银耳、黑木耳采用这种方法，成功率高，性状也较稳定，为生产上经常
