堆藏。选择通风良好、场地干燥的仓库，用福尔马林和高锰酸钾混合液进行熏蒸消毒，经2～4小时待烟雾消散后，即可将经过挑选和预冷的马铃薯进仓堆桩贮藏。每平方米可着地散堆750公斤，四周用板条箱、箩筐或木板围好，高约1．5米，当中放进若干竹制通气筒通风散热。此法适用于短期贮藏和气温较低时秋马铃薯的贮藏。
埋藏。马铃薯怕热、怕冷、怕受伤，挖出的马铃薯应放在阴凉处停放20天左右，待表皮干燥后再进行埋藏。一般挖宽1．2米、深1．5～2．0米的坑，长度不限，底部垫层干沙，将马铃薯覆盖5～10厘米干沙。埋三层，表面盖上稻草，再盖厚20厘米的土。沟内每隔1米左右放置一个用秸秆编织的气筒通风透气，通气筒高出地面40～50厘米。严冬季节增加盖土厚度，并用草席帘等将通气筒封闭堵塞，防雨雪浸入。
窖藏。选地势高、干燥、土质坚实、背风向阳的地方建窖。若是旧窖，要先晾窖7～8天以降低窖内温度，入窖前2天，把窖打扫干净，把窖壁、窖底的旧土刮掉3～5厘米厚，并进行消毒灭菌。一般每窖可贮藏3000～3500公斤，但注意不能装得太满，以装到窖内容积的一半为宜，最多不超过2/3。窖藏马铃薯薯堆表面易出现出汗现象，可于严寒季节在薯堆表面堆放草苫。
窖藏马铃薯入窖后，一般不倒动，窖藏期窖温最好为3℃，高于3℃薯块易发芽。当气温降到0℃以下时，要把窖口盖好，防止冻伤薯块。并加强通风管理，窖内不能太潮湿，以相对湿度90%左右为宜，开春后采用夜间放风、白天封窖的方法延迟发芽时间，贮藏过程中应及时剔除窖内的腐烂薯块。此法可贮至翌年3月中旬。
萘乙酸甲酯处理贮藏。将98%的纯萘乙酸甲酯15克，溶解在30克丙酮或酒精中，再缓缓拌入预先备好的1～1．25克干细泥中，尽快充分拌匀后装入纱布或粗布袋中。然后将配制好的药物均匀地撒在500公斤薯块上，注意药物要现配现用，撒药均匀。将处理后的马铃薯进行散堆或装箱堆桩，并在四壁遮盖1～2层旧报纸或牛皮纸。一般情况下，药物剂量越大，抑制发芽的时间越长。药物处理的时间，一般在收获后的2个月左右进行为宜。
