榨出的果汁中含有种子、果皮和其它悬浮物，首先要进行粗滤，一般在压榨机出口处有滤筛，在压榨的同时完成。制取澄清果汁时，将粗滤后的果汁经过澄清，然后精滤，除去全部悬浮物质及易沉淀的胶粒，使果汁清亮透明。澄清的方法有以下几种：
（1）明胶单宁法 利用单宁与明胶形成聚合物而沉淀以澄清果汁。用量应根据不同的果汁经过试验来决定，一般100公斤果汁，约需明胶和单宁分别为20克和10克。明胶和单宁都分别先行溶解，先加单于后再加明胶。于8～15℃下静置6～12小时，令其沉淀，此法主要用于葡萄汁、苹果汁和梨汁的澄清。
（2）热凝聚法 果汁中的胶体物质因加热凝聚而沉淀，所以此法应用较为普遍。方法是将果汁迅速加热到78～88℃，维持1～3分钟，而后迅速冷却。加热应在真空条件下进行，避免氧化和香气的损失。
（3）冷冻法 冷冻可以改变胶体的性质，使在解冻时形成沉淀，雾状浑浊的苹果汁经冷冻后易于澄清，葡萄汁和草莓汁也有同样的情况。
（4）加酶法 利用果胶酶制剂来水解果汁中的果胶物质，使果汁中的其它胶体也失去果胶的保护作用而共同沉淀，达到澄清的目的。方法是将果汁加热至80℃杀菌，待温度降至30～37℃时加入干酶剂，每100公斤果汁加干酶剂200～400克，充分搅匀后，静置数小时，果汁可逐渐澄清。
果汁经以上方法澄清后，再经压滤或其它类型的精滤与过滤，也可用由石棉、木浆、脱脂棉等作过滤层而制成的过滤器，或用硅藻土过滤，就可得到清澈透明的果汁。
