酸杀菌剂在毒理方面安全，而且具有生物活性，因此，常用于漂洗和杀菌过程中。有机酸如乙酸、过氧乙酸、乳酸、丙酸以及甲酸使用最广泛。酸可以中和清洁剂残留下来的碱，防止形成碱性沉积物并起杀菌作用。由于细菌表面带有正电荷，负电荷表面活性剂可以与带正电荷的细菌反应，致使其细胞壁被穿透，细胞组织的功能性遭到破坏。因此，酸杀菌剂是通过穿透并破裂细胞膜，离解分子，然后酸化细胞内容物，最后达到破坏微生物的目的。酸对芽孢和病原微生物的处理取决于剂量。这些化合物对不锈钢表面或那些接触时间可以延长的地方非常有效，并且它们对嗜冷微生物也具有高杀菌活性。在食品工厂中，将杀菌和最后的清洗结合起来操作是比较理想的。随着自动清洗系统的发展，酸杀菌剂已成为理想的使用对象。一般设备在经过最终的清洗后，为了避免污染和腐蚀，都需要将它们封闭过夜。虽然这些化合物对pH变化敏感，但与碘相比，不易受硬水的影响。过去，这些用于自动清洗系统的合成去垢剂的缺点是形成泡沫，使设备上的杀菌剂难以去除。非泡沫型酸去垢杀菌剂解决了这个困难，从而得以广泛用于食品工业中。但是，这种杀菌剂在pH较高的环境中对耐热微生物的杀菌效率较差，高浓度时其作用不及辐射有效，会使食品（如肉）表面发生轻微变色并产生臭味。酸杀菌剂的价格-效能还没有得到充分评估，对乙酸的研究表明，其在降低沙门氏菌属污染方面缺乏效力。
酸杀菌剂作用快，能有效抵抗酵母和病毒污染，酸杀菌剂的最适范围是pH＜3。阴性酸杀菌剂可以作为设备的清洗剂，能促使设备无锈、光泽、闪亮。这些杀菌剂有很好的润湿性，不会引起生锈和腐蚀，允许设备整夜暴露在外。硬水和残余有机物不影响阴离子酸杀菌剂杀灭微生物能力的主体效果，它们可通过喷洒或就地清洗（CIP）方式使用，若加入起泡剂，就可以实施泡沫清洗。如果存在碱性残留物或阳离子表面活性剂，酸性杀菌剂将彻底失效。因此，在使用酸性杀菌剂之前，需要清洗表面以除去所有的清洗剂。
羧酸杀菌剂是一种广谱杀菌剂。它们在稀释状态、在含有机物的环境中、在高温下都十分稳定。这些杀菌剂不会腐蚀不锈钢，保存期长，廉价，而且可作为杀菌剂和酸性清洗剂使用。羧酸杀菌剂杀灭酵母和霉菌的效果较差。在pH3.4～4.0以上时，杀菌效果不及一些化学杀菌
