目前国内食品冷链物流水平千差万别，从而导致市场混乱，业内急切呼吁尽快摆脱这种局面。即使冷冻冷藏食品在产地和消费地保持低温状态，但如果没有规范冷链运输，则很难保障质量安全。中国的食品冷链还未形成体系，目前大约90%肉类、80%水产品、大量的牛奶和豆制品基本上还是在没有冷链保证的情况下运送，食品冷链变革需要三位一体化。
冷链经营主体出现问题
食品冷链的复杂、投资大。由于食品冷链是以保证易腐食品品质为目的，以保持低温环境为核心要求的供应链系统，所以它比一般常温物流系统的要求更高，更复杂，建设投资也大。而目前我国的冷链系统还只是一个早期的冷冻设备市场，掌握的冷链技术在很多食品种类上还不能完全应用，相对于国际先进水平差距很大;没有建立生鲜经营管理体系。据他介绍相当部分企业始终未能有效地建立生鲜经营管理体系。商品结构和销售策略定位不清晰，导致毛利偏低，损耗难于控制;没有整合生鲜食品的产业链。企业无法有效整合生鲜经营背后的各种资源。随着规模扩大，整体经营成本难以得到控制，“规模反而不经济”。同时企业也未能解决生鲜商品结构日趋严重的同构化和产品更新问题。
冷链设施和监管机制不完善
国内冷链设施设备严重不足目前，我国易腐物品装车大多在露天而非在冷库和保温场所操作，80%-90%的水果、蔬菜、禽肉、水产品都是用普通卡车运输。仅水果、蔬菜等农产品在采摘、运输、储存等物流环节上损失率就达25%-30%，损耗量居世界首位（可以养活2亿人的营养基本需求），大量的牛奶和豆制品是在没有冷链保证的情况下运输的。造成这种窘境的直接原因是我国冷链设施和冷链装备严重不足，原有设施设备陈旧，发展和分布不均衡，无法为易腐食品流通系统提供低温保障。
我国冷链的实施没有国家或行业的专项标准。但只有一些大型食品生产加工企业自己制定的一些标准，诸如冷藏链中对HACCP(危害分析和关键点控制)没有强制要求执行。因此，在监管上也是空白，法律法规有待完善。缺乏具有执行力的食品质量监控体系。
第三方食品冷链物流发展滞后
中国易腐食品除了外贸出口的部分以外，大部分在国内流通的易腐食品的物流配送业务多数都是由生产商和经销商完成。食品冷链的第三方物流发展十分滞后，服务网络和信息系统不够健全，大大影响了食品物流的在途质量、准确性和及时性，同时食品冷链的成本和商品损耗很高。
冷冻冷藏食品常遭反复解冻再冷冻
据上海冷藏库协会的调查数据显示，我国冷链运输中铁路只占2%，公路仅为10%—20%，约有冷链车4万辆。我国很多冷藏库都是20世纪70、80年代建造，大多只具有储藏功能，不具备物流配送功能。据上海一家知名超市生鲜食品加工配送中心披露，供应商的送货车辆存在诸多问题，有些供应商根本不用冷藏车送货，有些供应商即使用冷藏车，也常常不开启冷藏功能。冷冻食品在运输过程中已经自然解冻，到了卖场再冷冻，甚至再次解冻后作为冷却食品卖给顾客，如鸡翅就经常发生类似情况。有些食品虽然销售不错，但也存在质量安全隐患。
