农垦系统加快健全农产品质量安全体系步伐。据来自农业部农垦局的消息，目前全国100家农业部无公害农产品示范基地农场的全部示范农产品，都已通过了无公害、绿色或有机农产品“三品”的认证，基本形成了一批以生产粮食、油料、水果、蔬菜、茶叶、畜禽、水产以及热带作物等产品为主的标准化生产示范基地。
作为农业现代化建设的主力军，农垦系统近年来在农业部“无公害食品行动计划”的总体部署下，组织实施了“农垦无公害食品行动计划”，开展了无公害农产品示范基地农场创建活动。对农药实行集中采购、连锁配送、特许经营，利用生物防治技术控制病虫害，严格控制高残留、剧毒农药的使用，严格防范废弃物、农药、化肥等污染物对灌溉水源的污染，基本杜绝了在无公害农产品生产中使用和滥用违禁农（兽）药的现象。目前100家示范基地农场通过认证的产品数共计269个。同时，农垦系统创新农产品质量安全全程监管模式，一年来，已有37个企业的517个批次的无公害农产品，在互联网上详细公布了产品的产地环境和生产栽培履历，自觉接受消费者监督，并及时掌握市场反馈，。
农垦系统在龙头企业中创建无公害农产品示范基地农场，通过扩大无公害农产品生产规模，增强龙头企业竞争力。江苏省东辛农场的4家农产品加工企业，通过与无公害农产品示范基地的联合，在农场和周边地区形成了种植业无公害生产基地、无公害奶牛养殖基地、无公害肉鸡养殖基地、无公害水产养殖基地。一年来，仅冻鸡产品出口就创汇400多万美元。
