《通知》提出，清理整顿范围为食品生产经营企业和食品添加剂生产企业。《通知》要求，对已发放卫生许可证的上述企业，各地要按照食品卫生法规、相应卫生标准和生产卫生规范进行逐一清理审核。对未达到卫生许可准入条件的要限期整改，整改后仍达不到准入条件的，要坚决依法吊销其卫生许可证；对没有按规定发放的或超出法定职权范围进行审批的要依法撤销其卫生许可证；对超出许可范围进行生产经营的要依法严肃查处。
卫生部强调，各地在审查发证过程中，要严格执行现行法律、法规和有关规定，严格审查程序，严禁对不符合许可条件的食品生产经营企业发放卫生许可证。要加大对食品生产企业的检查力度和检查频次，尤其是奶粉、儿童食品、食品添加剂等重点食品生产经营企业要重点监督检查，对检查过程中发现的问题要责令限期整改；对使用非食品原料和非法使用食品添加剂的行为要坚决查处；对涉嫌犯罪的，要及时移送司法机关。各地卫生行政部门要进一步完善食品卫生许可证发放管理办法和程序，切实加强许可证发放管理；凡不按程序发放卫生许可证或滥用职权、玩忽职守、营私舞弊的，要对直接责任人给予行政处分并追究领导责任。
