消毒是确保猪场安全生产的一个非常重要的措施，猪场的许多病原微生物可以通过消毒工作来达到杀灭和抑制其传播的效果，消毒要全面细致：
消毒药浓度要适宜。如果消毒药的浓度过大，一方面造成消毒药的浪费，增加饲养成本；另一方面很容易导致猪的皮肤、黏膜、呼吸道的损伤，同时也有可能造成人员的伤害。浓度过小，达不到消毒效果。
消毒要到位、彻底。猪场工作人员在消毒过程中，消毒速度要适中、喷洒均匀、采取喷雾的方式。
消毒要同步。无论是环境消毒还是带猪消毒，应尽可能在大致固定的时间范围内进行。在对猪场的消毒过程中，各猪舍应在较小的时间间隔内进行，才能很好的起到消毒的作用。否则，病原菌就有可能扩散或传播，消毒效果不能最大化，给猪场的安全生产构成威胁。
对人流、物流、车流的消毒要到位。规模化养猪场，大都采用封闭式的管理制度，但是现实决定又不可能完全彻底的封闭，必须要与人流、物流、车流不同程度的接触，如何对流、物流、车流进行彻底的消毒是任何一个养猪场都面对的现实问题。如果这项工作做不到位，是养猪场最大的安全隐患。
合理利用消毒池、消毒室。养猪场要设置车辆消毒池和人员进出消毒室，消毒池、消毒室消毒药的浓度要足够，定期更换消毒液，人员要走消毒室。
