柑桔类果实较耐贮藏，但不同品种间差异很大。通常柠檬和柚类最耐贮藏，其次是甜橙、柑类、桔类、金桔类。 用于贮藏的果实应在充分成熟时采收，如宽皮桔类在果皮颜色60%转黄时采收，橙类需在完全着色时采收，柠檬在青转淡灰色时采收。 柑桔中各类果实适宜的贮藏温度不同：桔子2-3℃，甜橙4-5℃，柠檬6-7℃、蕉柑7-9℃。甜橙贮藏适宜的相对湿度为90%-95%，柑桔类则为85%-90%。气体成份为氧5%-10%，二氧化碳低于1%。 柑桔在贮藏过程中蝗发生青霉病、绿霉病、黑腐病、蒂腐病、炭疽病、酸腐病等侵染性病害及水肿病、枯水病等生理病害。其中侵染性病害是造成柑桔贮藏过程中大量腐烂的主要因素。为了减少柑桔贮藏中的腐烂，在采收后均应进行处理，其要点如下： 精选：剔除有伤、病、虫的果实，过小过大和粗皮泡壳的果实不耐贮藏，选用以中等大小健壮的果实最耐贮藏。 浸药：药剂的浓度要准确，在生产上常用植物生长素2，4-D100×0.000001，防止果蒂脱落的效果显著，用0.08%-0.1%的托布津可有效防止贮藏中的侵染性病害。 包果：用聚乙烯薄膜片或袋进行单果包，有助于防止病菌传染及减少果皮水分的蒸发作用，对降低贮藏果的腐烂及保鲜效果均显著。 柑桔贮藏方法很多，归纳起来有简易贮藏法、通风库贮藏、机械冷风库、气调库贮藏、静电贮藏、臭氧贮藏。
（1）简易贮藏。各地的简易贮藏方法多种多样，辅以防腐保鲜处理后，其贮藏效果是很好，贮藏效益是相当可观的。 ①地窖贮藏：为四川省南充地区普通采用的一种甜橙贮藏方法。一般选择地势较高、无浸水现象，土质坚实，不易垮塌的地方建窖。果实入窖前要根据窖内干湿情况，每窖灌入50-100公斤清水，以保持窖内的高湿状况，在入窖前15天，可用托布津或多菌灵对窖壁进行喷洒消毒。入窖时经防腐保鲜处理过的果实沿壁整齐摆放（果蒂向上，大果在下，小果在上）。一般摆放3-5层，可贮果490-710公斤，留30-40厘米的"顶口"不摆放果实，供翻移之用，中央留50厘米左右的空处供入窖检查翻果用。装完果后，将窖口用盖板盖好。初期温度高，可用小石块垫起盖板，过几天后取掉，到温度降低后，则加上草圈压紧封严。此法贮藏甜橙6-7个月，腐果率14%左右。 ②水缸贮藏：先将待贮果用的水缸消毒，然后挑选出无病虫、无伤的果实，分层排于缸内或先经包果纸包装后再放入缸内。装满果后，先用干净布覆盖缸口10天左右，若缸内无升温现象，则加盖放置。四川、广西农户多用此法。
（2）通风库贮藏。经过防腐保鲜处理的果实在库内如用架堆则堆放2-3层为宜，如采用箱、筐则呈"井"字型或"品"字型堆码，并留足间隙，以利通风换气。果实入库前要对库房及贮藏设施进行消毒处理（如喷洒5%漂白粉或用5-10克/立方米硫磺燃烧熏蒸24小时）。在贮藏初期除雨雾天气外，应昼夜打开门窗通风，尽快使库的温度、湿度降低；在外界温度降低、库温稳定的情况下，对贮量较大的库应适当通风换气；外界温度低于0℃时应注意防寒；开春后，气温上升，应在夜间打开门窗通风换气。此法贮藏柑桔4个月，其好果率达85%-90%。
（3）气调贮藏。防腐保鲜处理后的果实装入木箱中于常温库（或通风库）内封入体积为60×80×60厘米，厚度为0.06毫米聚乙烯帐内，大帐上用直径为1厘米的打孔器打孔或嵌上硅橡胶，以调节帐内的气体成份。帐内置入浸有饱和高锰酸钾活性碳和石灰以吸收柑桔释放的乙烯及二氧化碳。在贮藏过程中控制氧气在6%以上，二氧化碳在5%以下，温度在0℃以上。此法适合于甜橙、锦橙、柠檬、柚子等耐二氧化碳较强的品种。
（4）臭氧贮藏。用臭氧贮藏的柑桔可在常温仓库或一般乡村土屋内进行。贮藏时，先用聚乙烯塑料薄膜帐把需要贮藏的果实垛堆罩起来，帐子四周边用沙土压实密封。然后，开动臭氧发生器向帐内输送臭氧。一般贮藏10-12.5吨柑桔的大帐，每8小时向帐内注入40-50克臭氧即可。
