一、土窖贮藏 番茄入窖前应去除伤果、病果，然后将好果装入果箱或果筐。装筐（箱）时注意不要码得过厚，一般码4~5层，以防压伤底部的果实。码垛前，在窖底铺上一层高10~15厘米的枕木，然后在枕木上码成垛，垛与垛之间距离为30~40厘米，垛与墙的距离为20厘米，垛与窖顶距离为20~30厘米。贮藏期间通过通风换气的方式进行温度、湿度的调节并注意观察番茄品质的变化。一般每7~10天检查1次，挑出成熟的果实上市销售。
二、架藏 具体操作方法：用三角铁、竹板做成菜架，层高30~40厘米，宽度80~100厘米，底层距地面20厘米，在每层架上铺上柔软的衬垫物，然后进行消毒。消毒后在每层架上码4~5层的番茄，进行贮期管理。架藏的优点是：在贮藏期间便于对果实进行观察，发现问题及时处理，损耗较小，但成本较高。
三、简易气调贮藏 具体操作方法：贮藏前先将贮藏场所消毒并降温至10℃左右，然后在贮藏场所内铺垫薄膜（一般为聚乙烯塑料薄膜，厚度为0.12~0.2毫米），面积略大于帐顶，上面放枕木。为了防止二氧化碳浓度过高，可在枕木间均匀撒放消石灰，用量为每1000千克番茄需消石灰15~20千克，然后将筐（箱）装的番茄码放其上。码好的垛用塑料大帐罩住，帐子的四壁和垫底薄膜的四边分别重叠卷合在一起并埋入垛四周的沟中，或用土、砖等压紧，这样就构成了一个密闭的环境，可以采用自然降氧法或人工降氧法来调节氧气和二氧化碳的浓度。为了防止帐顶和四壁的凝结水落到果实上，应使密闭帐悬空，不要紧贴垛，也可在垛顶部和帐顶之间加衬一层吸水物。
此外，还可在帐内加入一定量的乙烯吸收剂，防止番茄在贮藏过程中变色和后熟。在贮藏过程中应定期测定帐内的氧气和二氧化碳含量，当氧气浓度低于2％时，应通风补氧，当二氧化碳高于6％时，则要更换一部分消石灰。
