番茄扦插苗在扦插枝生根后至定植一段时间可按常规育苗方法进行管理，但在扦插枝生根成活前阶段对温度、湿度和光照的要求较实生苗严格：
1、扦插苗生根期的温度管理要求较高，适宜的温度是25～30℃，在此温度下，枝条容易生根，叶片也能保持正常不萎蔫。温度过高，枝条失水较多，容易发生萎蔫，会出现上部叶片已萎蔫，而地下部却已生根的现象；苗床温度长时间过低，枝条生根较慢，不利于形成壮苗，同时枝条的扦插部分也容易发生腐烂，一般育苗床的最低温度不低于15℃。
2、扦插苗成活前，应保持苗床内较高的土壤湿度和空气湿度。低温期扦插育苗，一般不需要浇水，而高温期育苗，由于通风量比较大的原因，苗床内失水较快，要对苗床勤浇水。
3、番茄扦插至生根成活阶段要求弱光照条件，光照过强，容易导致叶片和生长点萎蔫干枯。在管理上，一般晴天中午前后要用遮阳网等对苗床进行遮光。此外，扦插苗生根成活后，由于扦插苗的叶片比较大，苗床内容易发生拥挤，导致通风不良，可减少浇水，并加强通风，保持苗床较低的湿度，以减少发病。扦插苗要抹掉基部的花蕾，以促进根系的发育。
