一、病害防治
黑木耳在制作菌种和栽培过程中，由于环节比较多，营养丰富，条件适宜，给杂菌和虫害的发生创造了机会。常见的有毛霉菌、根霉、链孢霉、绿色木霉等十几种污染菌，一经发现便很难防治。因为到目前为止还未发现只杀灭或抑制杂菌但对木耳菌丝和人体无害的药剂。
1、发生杂菌污染的原因。
①菌袋灭菌不彻底。
②接种操作污染。
③外界环境卫生差。
④菌种带菌。
⑤冷却室、接种室、接种工具消毒不彻底。
2、防治方法
①、发现杂菌污染的菌袋，轻轻从培养室拿出用土埋上，是最好的防治方法，也叫土埋法。
②、能够密封的场所，用下列药品消毒40%甲醛每立方米10ml兑7克高锰酸钾，熏蒸。
③多菌灵50%可湿性粉剂稀释500倍喷洒。墙壁上喷洒20%石灰水，地面撒石灰粉。
二、虫害防治
常见的虫害包括菌蝇、跳虫、潜叶蝇、蚂蚁、线虫等虫害。防治方法主要有人工扑捉，灯光诱杀，配制各种诱饵（诱饵用敌敌畏装入容器内，挂在培养室中），药剂杀灭。
