茼蒿常见病虫害有叶枯病、霜霉病、褐斑病、潜叶蝇、白粉虱、蚜虫等。病虫害防治应以预防为主，化学防治为辅的综合防治措施。
首先要采用加强田间管理、搞好田园清洁，选用抗病品种等综合措施，然后是选用高效、低毒、低残留农药进行化学防治。
1、叶枯病可用50％扑海因可湿性粉剂1500倍液，或50％多菌灵可湿性粉剂1500倍液喷雾，交替使用。
2、霜霉病可用64％杀毒矾可湿性粉剂，或75％百菌清可湿性粉剂500倍液喷雾。
3、褐斑病可用80％大生可湿性粉剂500倍液，或78％科博可湿性粉剂500倍液喷雾。一般7－10天喷一次，连喷2-3次。
4、潜叶蝇可用2.5％辉丰菊酯，或4.5％高效氯氰菊酯2000倍液，或0.9％虫螨克1500-2000倍液，或1.8％虫螨克3000-4000倍液喷雾。
5、蚜虫可用10％蚜虱净乳油1000－2000倍液，或4.5%高效氯氰菊酯1500倍液等喷雾，可兼治白粉虱。采收前15天停止用药。
