随着食用菌产业的蓬勃发，食用菌废料处理成为当下广大菇农所面临的首要问题。对这些食用菌废料，广大菇农不能做到科学的处理利用，随意丢弃或堆放，不仅浪费资源，还造成霉菌和害虫滋生，污染环境。
食用菌废料又叫菌糠、菌渣、下脚料、废菌筒，是栽培食用菌后的培养料，含有丰富的蛋白质及其它营养成份，在农业生产上具有较高的利用价值。
经过科研人员多年对食用菌废料重复利用研究，得出结论，食用菌废料可重复利用重新栽培食用菌。其主要用途分为以下几个方面：
一，栽培了草菇、平菇、香菇、木耳、蘑菇等品种的废料，只要菌丝生长较好，培养料未被杂菌污染，则可将其晒干整碎后添加30%到新原料中栽培鸡腿菇，其效益相当可观。此法既可降低生产成本，也可进一步提高原料的利用率。
二、菌糠在制种上的应用
菌糠用于双孢菇菌种的生产，可提高菌种质量，节约成本。研究表明：菌糠是代替一部分麦粒制作双孢菇菌种的好原料。
三、家畜家禽饲料
平菇、香菇、金针菇等木腐类真菌，种菇后废料中含有较丰富的氨基酸，并且Fe、Ca、Zn、Mg等微量元素含量也很丰富，加之菌渣特有的蘑菇香味，使之具有较好的适口性。因此菌渣可作饲料使用。
四、食用菌废料作肥料
对发霉的菌渣，不宜作二次栽培料和动物饲料，多用作农家肥料。食用菌废料中富含有机物和多种矿质元素。其中N、P、K养分含量高于稻草和鲜粪。土壤中施用食用菌废料后，可形成具有良好通气蓄水能力的腐殖质。对改良土壤，提高土壤肥力具有重要意义。此外，食用菌菌丝体在生长过程中，分泌出某种激动素物质和特殊的酶，而这些酶可使复杂的有机物分解成易被植物吸收的营养物质。食用菌废料深施在果园里，可改良土壤，提高水果品质，具体表现为增产增收的效果。食用菌废料施在蔬菜上，可使蔬菜的抗旱力明显增强，植株生长旺盛，外观品质好。在花卉种植中，把种菇后废料与肥土混和后堆积自然发酵，用作花卉苗圃、花盆的养花基肥，可改善土壤结构，提高通气性及持水保水能力，使长出的花草枝繁叶茂，花量大，花色艳丽，并且成本极低。
五、食用菌废料作燃料
由于香菇栽培大多用木屑做培养料，因此食用菌废料做燃料以晒干的香菇菌筒的效果最好。
