遇到较长时间的阴雨天，光照弱，温度低，湿度大，会影响花粉发育及授粉，导致落花。连阴天营养供应不足，花芽分化不良，又会导致以后出现大量的畸形花、畸形果。以西红柿为例，西红柿从2片真叶展开时开始花芽分化，如果花芽分化期遇上连阴天，就会诱发畸形花，进而出现畸形果。那么，针对连阴天时落花落果严重、畸形果多的现象，菜农应该如何应对呢？
首先，加强整枝打叶，并安装反光幕、补光灯、勤擦拭棚膜，改善植株光照条件。光照不足是导致连阴天落花落果严重的首要原因。菜农可以在棚内安装专用的补光灯，在白天开棚时进行补光；在大棚的后墙增设反光幕，可以增加散射光的利用效率，增强光合作用。此外，还要注意调整植株的结构，例如辣椒可以将吊绳弄松，增大辣椒枝条的开张角度，加强整枝，去掉过多的枝条尤其是内膛枝，也能起到增大叶片的见光面积、减少营养消耗的作用，从而提高辣椒的坐果率。
其次，降低棚内湿度，晃动植株，利于授粉。蔬菜开花授粉对湿度也是有要求的。连阴天棚内放风少，棚内的湿度过大，容易导致花粉发育不良，活性降低，不能很好地粘着到雌蕊柱头上，从而致使授粉率降低。所以，在连阴天时要注意在中午12点到下午两点间隔性放风，尽可能降低棚内湿度。配合晃棵等措施，保证尽可能多的花粉粘着到辣椒雌蕊柱头上，保证授粉的质量。
再次，叶面补肥。落花落果严重，主要是由于营养供应不足引起的，连阴天时菜农可以通过叶面补肥的方法，增强蔬菜长势。叶面喷施葡萄糖100倍、全营养叶面肥300倍混核苷酸1000倍、甲壳素1000倍的方法，为辣椒补充能量，提高植株抗性，从而减少因营养消耗过多导致落花落果。此外，菜农也要注意补充硼肥。因为硼肥能促进花芽分化，防止畸形果的产生。菜农可以使用1500倍速乐硼溶液，通过叶面喷施补充。
喷用萘乙酸等植物生长调节剂可以促进开花坐果，但使用量不能过大，应将浓度控制在3000-4000倍之间。使用萘乙酸后，辣椒植株叶片会出现2-3天的曲叶现象，几天之后会自行恢复。
