一、温度过高当菇蕾形成和生长时，菇棚（房）的温度突然升高或连续数天在20℃以上，再加上通气不良，菇蕾就会萎缩变黄，最后死亡。这种情况常发生在秋末或早春，因菇蕾在低温条件下形成，其营养是由菌丝向子实体运送，而当温度突然升高时，营养又由子实体倒流回菌丝体，菇蕾因得不到营养而死亡。防治方法：密切注意气温变化，根据天气预报调节好菇棚（房）的温度，使菇棚（房）温度保持在20℃以下，严防菇棚（房）温度突然升高。
二、菇棚（房）通气不良冬季，菇农为保持菇棚（房）温度，常将菇棚（房）关闭严密，而忽略通气。也可能由于菇棚（房）过大，周围虽有通气孔，但通气不均匀，菇棚（房）内外气体不能交换，菇棚（房）内供气不足，菇蕾或幼菇得不到充足的氧气而窒息死亡。防治方法：无论在什么情况下，都要注意菇棚（房）通气，每天通气1～2次，气温高时可在早上或晚上通气，气温低时可在中午前后通气，通气时间可适当短些。有风天，只开背风的通气孔，而无风的晴天，通气孔都开启，使空气充分流通。
三、用水不当
在幼菇生长期间，直接向菇床及菇体上喷水，使菇棚（房）内湿度过大，若菇棚（房）通气不良，使菇体上的积水不能及时散发，而在菇体表面形成水膜，被水渍死，或诱发细菌病害，使幼菇腐烂死亡。菌筒或覆土层缺水，幼菇得不到足够水分而枯死。也可能在菇棚（房）温度高时，直接向菇体喷水，菇蕾突然受刺激而死。防治方法：当菇棚（房）温度在20℃以上时，不能喷水；每次喷水时要注意通气，不喷闷水；在菇蕾或幼菇期不可直接将水喷在菇体及菇床上，应向地面及空间喷水，保持菇棚（房）适宜湿度；菌筒或覆土水分不足时，及时补水调湿。
四、出菇过密
床栽的食用菌如双孢菇、鸡腿菇等由于培养料偏干或覆土太薄，覆土后菌丝生长快，在表层形成密集菇蕾，但因营养满足不了过多菇蕾的需要，使部分菇蕾死掉。袋栽菇类如香菇、平菇等，当菌丝还未发育成熟时，遇昼夜温差大，或菌袋翻动次数过多，浸水时间偏长，也会形成密集菇蕾，这些菇蕾大部分死亡。防治方法：覆土厚度控制在3～5厘米；覆土后及时喷水调湿，使土壤含水量保持在18％～20％。菌袋栽培培养到菌丝体生理成熟，再进行催蕾。催蕾时温差刺激时间不可过长，3～4天即可。
五、病虫危害及用药不当
病虫危害或喷药过多、用药浓度过大，都会使菇蕾或幼菇死亡，甚至栽培失败。防治方法：在出菇期间不用化学方法防治，可用诱杀和人工捕杀的方法进行防治。若必须使用农药时，也只能在菇采收后，选用低毒、低残留的药物，使用浓度控制在允许范围内。
