芹菜的生理性病害有烧心、空心、叶柄开裂和缺硼症。以上生理性病害能严重影响芹菜的生长，降低其产量及品质。
烧心 症状：开始心叶叶脉变褐、逐渐叶缘细胞坏死，呈黑褐色。在生育初期很少出现，多在11~12片真叶时开始发生。发生条件和原因：烧心在高温、干旱、施肥过多的条件下容易发生。高温能加快生长发育速度，促进植物对氮、钾、镁等元素的过量吸收，从而影响对钙的吸收。而烧心是由缺钙引起的。在于旱条件下，由于根系对钙元素的吸收能力减弱，易引起植株缺钙，越是酸性土壤则发生越重。防治方法：首先要避免高温干旱，进行适温适湿管理；对酸性土壤可施用生石灰调节到中性或接近中性；施氮、钾、镁等肥料要适量。一旦发生烧心症状，可用0.5%的氟化钙或硝酸钙溶液向叶面喷雾。
空心症状：空心是一种生理老化现象，发生的部位是叶柄，是叶柄髓部位和输导组织细胞老化，细胞液胶质化失去活力和细胞膜发生空隙。多从叶柄基部向上延伸，在同一植株上外叶先于内叶，由叶基到第一节间发生较早。叶柄空心部位呈白色絮状，木栓化组织增长。发生条件和原因：空心在沙性大的土壤中发生较多、进度较快，肥分不足或后期脱肥时也有发生。生长过熟或过量喷施赤霉素等，土壤干旱或温度过高或过低也易发生。防治方法：应避免在沙性过大的土壤上栽培。除施足底肥外，在生长发育过程中要及时追肥，如发现叶片颜色转浓出现脱肥现象时，可用0.1%的尿素液肥进行根外追肥。
