《神农本草经》称豆芽为“大豆黄卷”。中国发明豆芽约有两千多年的历史，创造发明者已不可考。最早的豆芽，是以黑大豆作为原料。《神农本草经》中，把“大豆黄卷”列为“中品”，记做法说：“造黄卷法，壬癸日（指的是冬末春初之时），以井华水浸黑大豆，候芽长五寸，干之即为黄卷。用时熬过，服食所需也。”对其名解释为：“大豆作黄卷，比之区萌而达蘖（niè）者，长十数倍矣。从艮而震，震而巽矣，自癸而甲，甲而乙矣（此句指豆芽发生的过程）。始生之曰黄，黄而卷，曲直之木性备矣。木为肝藏，藏真通于肝。肝藏，筋膜之气也。大筋聚于膝，膝属溪谷之府也。故主湿痹筋挛，膝痛不可屈伸。屈伸为曲直，象形从治法也。”早时豆芽首先是用于食疗，其次用于道家养生。
豆芽作为素菜食用，较早见于林洪的《山家清供》：“温陵（今福建泉州）人家，中元（农历七月十五）前数日，以水浸黑豆，曝之。及芽，以糠皮置盆中，铺沙植豆，用板压。长则覆以桶，晓则晒之，欲其齐而不为风日损也。中元，则陈于祖宗之前，越三日出之。洗，焯以油、盐、苦酒、香料可为茹，卷以麻饼尤佳。色浅黄，名‘鹅黄豆生’。”同样文字，亦见于《双槐岁抄》。
《东京梦华录》中称豆芽为“种生”：“又以绿豆、小豆、小麦于瓷器内，以水浸之，生芽数寸，以红蓝草缕束之，谓之‘种生’，皆于街心彩幕帐设出络货卖。”
陈元靓《岁时广记》中，则称“豆菜”为“生花盆儿”：“京师每前七夕十日，以水渍绿豆成豌豆，日一二四易水，芽渐长至五六寸许，其苗能自立，则置小盆中，至乞巧可长尺许，谓之‘生花盆儿’，亦可以为菹。”
在宋朝时，食豆芽已相当普遍。豆芽与笋、菌，已并列为素食鲜味三霸。宋元时食豆芽，主要用于凉拌。《易牙遗意》记其方：“将绿豆冷水浸两宿，候涨换水，淘两次，烘干。预扫地洁净，以水洒湿，铺纸一层，置豆于纸上，以盆盖之。一日洒两次水，候芽长，淘去壳。沸汤略焯，姜醋和之，肉燥尤宜。”
明清之后，有芼（mào 可供食用的野菜或水草）之为羹者，有以油炸之，亦有以鸡汁和豚汁烫而食之。诸种豆芽中，豌豆苗相比更为鲜美。《清稗类钞》记：“豌豆苗，在他处为蔬中常品，闽中则视作稀有之物。每于筵宴，见有清鸡汤中浮绿叶数茎长六七寸者，即是。惟购时以两计，每两三十余钱。”
食豆芽须掐去根须及豆，因此到清代称做“掐菜”。到了明清，文人们就开始讲究豆芽要入汤融味。《随园食单》有豆芽条称：“豆芽柔脆，余颇爱之。炒须熟烂，作料之味才能融洽。可配燕窝，以柔配柔，以白配白故也。然以其贱而陪极贵，人多嗤之，不知惟巢由正可陪尧舜耳。”巢父与许由，此两人都是隐士。尧要把君位让给巢父，巢父不受。尧要把君位让给许由，巢叫许由隐居。
豆芽菜谱中，有一道菜，叫做“熘银条”，在秦菜中颇有盛名。原料是绿豆芽、葱丝、精盐、白醋、花椒、线辣椒、芝麻油。此菜先用旺火，将辣椒炸成深红色，豆芽入锅后即烹醋引火，要求四五十秒钟就熘成，以保留豆芽脆嫩。
炒豆芽一般配以鸡丝。“银苗鸡丝”、“掐菜炒鸡丝”、“鸡绒银条”、“银针拌鸡丝”，各地有各地的名称。鲁菜中也有粘蛋糊而用以油炸的，清嘉庆年间，有“缕豆芽菜使空，以鸡丝、火腿满塞之”的做法，实在难以设想其操作方法。《清稗类钞》中有一则某贵人被其家厨欺骗，以豆芽为奢侈品的故事。某贵人一日访其亲戚，因为这个亲戚问他借过钱，吃饭时他见桌上有豆芽，就问这个亲戚：你平日老叫穷，吃饭怎么还用这等奢侈品。这是我常用的，每盘一二两银子。亲戚就跟他说，豆芽很贱，其实只要二三文钱。贵人回家问厨师。厨师截豆芽须，把辣椒丝盖在上面，加上麻油酱油，说三文钱还嫌贵的是那种穷人吃的用盐渍的豆芽，主人平日吃的这种豆芽的确是贵品。因此而欺骗了贵人。
西方称豆芽是中国食品的四大发明之一。另三个分别是豆腐、酱和面筋。其实，中国之食品发明，远不止此四种。豆芽据说也是李鸿章在光绪庚子后使欧时传入西方的。因有“李鸿章杂碎”之说，现加拿大魁北克一带，干脆就称豆芽为“杂碎”。
