在食用菌产业化大生产这个链条中，食用菌的保鲜加工是一重要组织环扣，既是生产、流通、消费中不可缺的环节，又是为食用菌产业化提供扩大再生产和增加效益的基础。传统的鲜菇销售，一般以竹制或塑料周转箱作为容器，采收的鲜菇直接入箱后即进入市场，子实体在箱内积压、碰撞等，使得其商品质量大打折扣，并且直接暴露于阳光下或大气中，既被动接受污染，又不利保鲜，消费者亦有买不到鲜活水灵蘑菇的反映，此其一。其二，随着经济的发展和人们生活节奏的加快，相当一部分消费者没有时间也没有心情去拥挤的农贸市场选购蘑菇，而是希望有方便、干净、小包装的产品，回家稍加烹调即可，于是，超市销售应运而生，据了解，南方各大城市的超市销售小包装鲜菇已有数年历史，市场效果颇佳，目前，北方的超市亦有所行动，可见这是一个发展趋势。
1．低温保鲜鲜加工
基本程序为：鲜菇采收——低温整理——降温包装——装箱运输——进入超市。
鲜菇一经采收，须整齐排放在小型矮装容器内，并尽快送往低温车间进行整理。容器体积为长×宽×高=（40×28×16）厘米，其形状如周转箱，底部实板，四周预设直径约2～3厘米左右圆孔，底下四角均有内缩插接角块，以便于码高多层。鲜菇采收时顺头排放，不使头尾相接，以免造成污染。低温车间内温度为1～3℃，可将普通恒温冷库改造后利用，连同其他包装容器均存放于车间内，以使彻底降温。鲜菇成箱搬入车间后分开摆放，不得再码高多层，以便于菇体充分降温，该环节对于气温高于15℃时采收的鲜菇尤为重要。整理的工具为：薄片不锈钢刀或竹片刀，以及小包装封口、打箱等设备。
先用小刀将鲜菇基部削净，去掉一切泥土、基料等杂物，鳞片多时应一并除去，一般不用水洗，否则缩短产品货架寿命。随即将干净的鲜菇进行分级后，排放于铺有泡沫软衬的容器内，待充分降温后包装。
降温包装：待菇体内部降温至3℃以下时，即可分装。一般可用泡沫质地的饭盒样式，制作为高约5厘米左右单盒，每盒约装鲜菇150克左右，有的大城市已禁销塑料包装，可定制纸质盒。也可根据鲜菇品种确定包装盒的规格，如鸡腿菇一般适宜（长×宽×高，下同）16厘米×l0厘米×4厘米规格的包装，姬松茸则适宜15×l0×6规格，真姬菇、杨树菇等则适宜16×8×4规格。并根据鲜菇形态及规格大小确定排放方式。然后封包保鲜膜。将小包装盒再装入泡沫保鲜箱内，每箱可装36盒，透明胶带封口即成。装箱运输：根据运输距离及运输工具等，即可直接运输保鲜箱，亦可装入集装箱发运。由于保鲜箱保温效果极好，箱内盒式包装又经低温处理。故在5～12小时内不会因升温而使鲜菇降质。其中鸡腿菇及草菇等保鲜难度最大，但在5小时内亦不会出现降质问题。
进入超市：进入超市后，应将小包装放入低温展示柜中进行销售。一般售架寿命可达2～10天。
另外，短期贮存和运输时还可使用冰块降温保鲜或冷藏车运输等方法，一般菇类控制冷藏温度1～3℃，经长途运输后，菇体保持原有色泽及形态不变，效果较好。
2. 气调保鲜加工
利用气体更换或控制的方法对鲜菇进行保鲜与包装，费用较低，适合长途运输，且产品货架寿命较长，效果很好。
控制法：将鲜菇经整理、分级后，装入厚壁塑膜袋中密封，以控制新鲜空气数量，使子实体代谢减缓。进入市场后最好即时贮于低温条件下，其货架寿命亦因品种而异。
真空法：将鲜菇装入复合塑料袋内，抽空密封，保鲜期较长，但经长运进入市场后，最好低温贮藏。
换气法：将鲜菇装入复合塑料袋后，往袋内注入一定数量的氮气后密封，可有效抑制其细胞酶的活性，从而延长保鲜期、但该法需相应的设备及气源，费用稍高，适合规模化生产单位或个人，实行周年化栽培或反季节栽培时，可推广使用该方法。
硅窗法：市场上的“硅窗保鲜袋”可应用于食用菌保鲜贮藏，但也存在费用偏高等问题。
排氧法：将整理后的鲜菇置入容器内，鲜菇较多时可置于特定房间内，充放二氧化碳气体，约15～30小时后，分装塑料袋并密封，如再配合低温运输，效果更佳。
3. 化学保鲜加工
食盐溶液保鲜：兑制0.5%～0.8%食盐溶液，将整理后的鲜菇浸泡其中10～20分钟，因品种、质地、个头等确定具体时间，捞出后装入塑料袋密封，低温贮藏，保鲜效果不错。
盐酸溶液保鲜：兑制0.01～0.05稀盐酸溶液，将鲜菇整理后装入塑箱或大口塑桶内，其中预先套入大型塑袋，装好后加入盐酸溶液浸泡并没过菇体，将塑袋扎口、封盖，该法适应于运输时采用。因盐酸可抑制菇体的代谢及微生物繁殖，故其保鲜效果不错，尤其使用普通车辆从生产基地向加工厂运输时，该法简便实用。
B9溶液保鲜：B9即比久，一般常用于控制农作物及花卉生长的化学制品。根据鲜菇品种、质地及个头大小，兑制0.003%～0.1%B9溶液，将鲜菇浸泡10～15分钟后，装入塑袋密封，具有较理想的保鲜效果。
焦亚硫酸钠溶液保鲜：兑制0.02%焦亚硫酸钠溶液（焦液，下同），浸洗鲜菇，20分钟后，再转入0.05%焦液中浸泡10～15分钟。捞出沥水后，均匀喷洒一遍0.15%焦液，然后分装塑袋并密封。焦亚硫酸钠不但具有保鲜作用，而且对鲜菇有护色作用，使鲜菇在运输贮藏过程保持原有色泽不变。
