我国食用菌产业发展的方向主要体现在以下几个方面：促进栽培品种研发，提高产业发展后劲；提高初深加工能力，增加产业附加值；加强行业执行标准，确保食品质量安全，提高产品的国际竞争力；提高技术创新能力，促进产业发展；设立种质资源保护区，确保遗传基础丰度；开发科学宣传手段，提高全民对食用菌产业认识。
一、促进栽培品种研发，提高产业发展后劲
中国是世界上拥有食用菌品种最多的国家之一。目前，已有记载的食用菌品种数量为980多种，其中具有药用功效的品种有500种。至今，我国已人工驯化栽培和利用菌丝体发酵培养的达百种，其中栽培生产的有60多种，形成商业生产的有30多种。除了占食用菌主要市场份额的香菇、木耳、平菇、双孢菇、草菇、金针菇等10余个品种外，一系列的珍稀品种也相继驯化成功，如杏鲍菇、白灵菇、真姬菇、蛹虫草、大球盖菇、茶树菇、灰树花等已经在国内广泛栽培。
但是，由于基础差，投入不足和种质资源匮乏，育种后劲明显不足，对野生食用菌种质资源的调查、采集、保藏和开发利用严重落后，造成育种的种质材料少，遗传背景过窄，难以选育出符合当今和未来市场需求的优良品种，而满足食用菌产业化、规模化生产的种类更是少之又少。
二、提高初深加工能力，增加产业附加值
随着食用菌产业的发展，食用菌产量增加，食用菌产品的初深加工技术和能力对提高产业附加值和产业的竞争力尤为重要。目前食用菌加工以初加工为主，深加工为辅。初加工包括干制品加工、盐浸品、糖浸品、膨化品，如低糖菇脯、冻干食用菌、食用菌罐头等，以及利用残菇和下脚料加工成的休闲食品或者即食食品等。深加工包括各种食用菌保健品、饮品、酒品、药品和化妆品等，如利用食用菌中具有疗效的成分，直接提取、加工成猴头菌片、安络痛、蜜环菌片、云香片，利用灵芝子实体和灵芝孢子粉制成灵芝制剂等。美容制品如银耳奶液、灵芝营养霜等。另外，还可以将食用菌培养废料加工成如菌糠饲料、菌肥、激素等。
发展食用菌初深加工可以调节市场供应，有效缓解市场压力，提高产业的附加值，增加出口创汇能力。加工企业正在从对产品的初加工向深加工转型升级，还有部分企业已向高新科技领域发展，药用菌行业发展尤其值得关注。但是，从事该领域的人员队伍还不够庞大、技术和成果储备还有待加强。
