目前，豆芽最突出的食品安全问题是制发过程中违规使用农药、化肥、植物生长调节剂、抗生素以及不符合GB 2760规定的其它食品添加剂。豆芽尚无国家标准，但北京、浙江等省市已制订了地方标准。以浙江省为例，制订了DB33/ 625.1-2007 无公害豆芽 第1部分：生产技术规程、DB33/ 625.2-2007 无公害豆芽 第2部分质量安全要求和一个检验标准。按标准的规定，在豆芽制发过程中，除可限量用防落素(4-氯苯氧乙酸钠)、6-苄基腺嘌呤（6-BA）、赤霉素（九二O）外，禁止使用其它未经国家批准、危害人体健康的化学药剂，如农药、化肥、植物生长调节剂、抗生素以及不符合GB 2760规定的其它食品添加剂。豆芽采收后，可根据市场需求清洗，清洗过程中不得使用保险粉（连二亚硫酸钠）等增白保鲜剂。
在制发场所和原料豆处理时，也只可使用石灰水、漂白粉和紫外线灯进行消毒，不得使用农用杀菌剂、抗生素及其它防腐剂消毒。
但各地执法部门在执法过程中常发现不法商户在豆芽的浸泡发芽过程中，为了提高豆芽产量，缩短生产周期，普遍存在使用多菌灵、井岗霉素等化学农药，以及豆芽特效通用灵、8503AB粉、黄豆芽素、防菌剂等所谓的植物生长调节剂等违禁药剂的现象，而且加工现场脏污不堪。豆芽经过这些药物的作用，看起来粗壮、不长根，还能保鲜、杀菌、防腐，但对人体健康构成了潜在的危险。例豆芽素，是一种能使豆芽细胞快速分裂的激素类农药，对人体有致癌、致畸形的作用；多菌灵，可以杀死豆芽中的霉菌、细菌，但对人体活性组织有腐蚀性。
选购警示：无根豆芽问题多，安全食用宜慎购。消费者可以采用“一看二闻”的方法，看看豆芽的颜色是否特别雪白，闻闻有没有一些刺鼻的气味，特别白的和有刺激味道的豆芽，建议不要购买，最好选购顶芽大、茎长、有须根的豆芽比较安全。
