一、有机生产原则
基本要素与欧盟EEC2092/91、美国205NOP法规的原则是一致的。
二、关于有机畜禽饲养设施条件、饲料的供给、饲养、有机畜产品加工管理等方面，该JAS标准和欧盟EEC2092/91、美国205NOP法规基本相同。
三、在有机畜产品的卫生保健方面，JAS“禁止使用生物药品（例如疫苗）及兽药（杀外寄生虫剂除外）用作预防性治疗”。禁止使用疫苗，与IFOAM（国际有机联盟）基本标准不同。目前，全球的养鸡业，对新城疫、法氏囊等主要传染病的控制和预防，几乎都使用疫苗。
四、畜禽来源
该JAS标准在畜禽来源方面的要求与欧盟EEC2092/91、美国205NOP法规明显不同。畜禽来源是对有机畜产品有关键影响的因素。比较它们的不同，表现在三方面：
1.在确定有机饲养对象方面，JAS规定，家畜在出生前6个月，母畜开始接受有机饲养；家禽从孵化开始，母禽接受有机饲养（第4条，第2款1、2项）。而205NOP法规规定，“销售、标注或展示为有机的畜禽产品必须从畜禽妊娠或孵化最后的三分之一时间开始进行持续的有机管理。”两者比较，205NOP法规的规定符合畜禽生产实际情况，具有科学性和合理性；而JAS不分畜禽种类，统一规定对妊娠母畜在生产前6个月进行有机饲养，这不符合实际情况，缺乏科学依据和充分理由。例如母猪的妊娠时间不足4个月，如何在生产前6个月进行有机饲养？
2.在从非有机饲养场引进后备母畜、育成家禽用于畜群、禽群更新和弥补数量方面，JAS（第4条，第2款4项）规定的比例比EEC2092/91法规的规定严格。
3.EEC2092/91法规和205NOP法规都允许从非有机饲养场引进种畜，而JAS没有此类规定。并且，EEC2092/91法规规定，经听取检查部门或检查机构的意见及同意之后，在特殊情况下，例如饲养场扩大、更换动物品种、发展新的专业畜禽饲养等，需要弥补动物数量时，从非有机饲养场引进的后备母畜、育成家禽的比例可提高到40%。在这点上JAS也没有相应的规定，缺乏灵活性。
《日本有机畜产品农业标准》几个值得关注的问题
一、对生物制剂使用的要求
畜、禽在生长过程中可能使用的生物制剂包括：预防疫病用的疫苗、治疗疾病用的特异性抗血清、生长过程中正常添加的肠道微生态制剂。该JAS标准对于有机畜禽产品的来源性畜禽，是否可使用疫苗和抗血清进行疫病预防或治疗，未明确要求，只是笼统提到“用于动物性产品生产的家畜或家禽仅限于治疗目的使用生物制剂”。
二、“饲养设施的条件”项下，提出“野外饲养场符合（1）至（10）基准”。其中：
⑴为防止禁用物料的飘入，要与周围明确区分开来。
⑵采取必要措施防止水田用水中飘进禁用物质。
上述对有机饲养的野外饲养场要求（1）和（2），在现实中很难达到，可行性值得商榷。
三、在“生产方法基准”中，对“饲料的供给”的要求：
“有机流通饲料……可以供给满足甲至丙基准条件下生产出来的饲料。但是，只限于甲至丙所列基准应用两年以上的饲料，使用该饲料的家畜可以用于有机畜产品生产。”
甲为防止禁用物质的飘入，将其与周围明确区分开来。
乙采取必要措施防止水田用水中飘入禁用物质。
对有机饲养所用饲料要求的甲、乙内容，在现实中很难达到，可行性值得商榷。
四、认证问题
日本将有机畜产品纳入《日本农业标准法实施法令》(the EnforcementOrdinance of the JAS Law)所指定的目录中。所有的有机畜产品在得到JAS认证后，才能允许加贴“有机”或类似术语的标签，才能进入日本市场。由于该标准在一些重要的基准上比其他国外标准更为严格，在有机认证时，我国企业将难以取得主动。
五、《日本有机畜产品农业标准》导致日本其他有机系列标准同时出台或修改，除有机畜产品的日本农业标准（JAS for Organic Livestock Products）外，日本农林水产省（MAFF）同时制定了关于有机农作物饲料的日本农业标准（JAS for Organic Agricultural Feeds）、有机加工饲料的日本农业标准（JAS for Organic Processed
Feeds）。日本农林水产省还提议将有机农作物加工食品的日本农业标准修订为有机加工食品、包括以有机畜产品作为成分的加工食品日本农业标准。同时，把“日本农业加工食品标准”(JAS for Organic Agricultural Product Processed Foods)的标题改为“日本有机加工食品农业标准”（JAS for Organic Processed Foods）。
目前，由于WTO各成员给日本农林水产省提交的评议意见较多，该通报标准未能在预定的2004年10月正式批准。
综上所述，该《日本有机畜产品农业标准》存在明显的贸易技术性措施倾向。一方面保护了日本的畜禽生产和加工环境，保护日本有机畜产品质量；另一方面，它对全球有机农畜产品、有机食品生产和流通带来的影响也将是广泛、深远的。毫无疑问，该标准对我国尚未成熟的有机畜禽饲养业和有机畜产品加工业的发展也将造成较大冲击，在增加我国有机饲养成本、影响产量和生产效益的同时，对中日两国有机畜产品、有机饲料及有机食品、有机农产品的贸易将造成重大的影响。当然，通过对《日本有机畜产品农业标准》的详细了解，我国有关部门、业内人士也可借鉴日本的做法，增加投入，改善创造条件，减少日本有机畜产品贸易技术性措施带来的负面效应。
