中国食品发酵工业研究所应用微生物工程中心（Center of Applied Microbiology Engineering, CAME）是中国工业微生物菌种保藏、微生物技术研究和微生物相关产品开发的核心研究机构，以食品和发酵微生物为主要领域，涉及农业微生物、环保微生物、饲料微生物等多个方面。中心由三部分构成：中国工业微生物菌种保藏中心（CICC）是国际菌种保藏联合会（WFCC）成员，也是中国国家级工业微生物菌种保藏中心，负责全国工业生产与研究应用微生物菌种的收集、保藏与提供，微生物菌种保藏技术的研究与培训等；食品与酿造微生物开放实验室以基因工程、细胞工程等现代生物技术为主要手段研究工业微生物，承接国家及省部级自然科学基金项目和计划攻关项目，同国内外大学和研究机构的相关实验室开展合作项目与交流；应用微生物技术实验室致力于微生物高新技术的应用和新产品成果的转化，保持与各相关行业的紧密联系，关注追踪高附加值项目和技术热点，使中心在研究和开发上处于领先地位。
应用微生物工程中心的主要学科有：菌种的培养和保藏方法，应用微生物学，工业微生物学，基因工程，细胞工程，发酵工程，生物化学等。
应用微生物工程中心的研究方向为：中国传统酿造微生物的分子生物学研究；利用转基因技术构建微生物新菌株；工业微生物的分子生物学鉴定；食品与酿造微生物的安全性研究；酿酒优良菌种的遗传育种；工业酶制剂生产菌种及发酵工艺的研究；乳酸菌、双歧杆菌等体内益生菌微生态制剂的研究；微生物乳化剂的研究；红曲菌及其产物的研究；酿酒用增香菌的研究开发等；
应用微生物工程中心曾先后承担并完成了包括国家“七五”、“八五”项目在内的十几项国家和部级重点科技攻关项目，多次获得国家和部级科技进步奖，实现了较好的经济效益和社会效益。
应用微生物工程中心拥有从事微生物学研究较为完善的实验仪器及设备，配备有2到30L发酵罐，及旋转蒸发浓缩器，动态超过滤机，微型喷雾干燥机等先进的发酵后处理设备，具备中试放大条件。中心建立了客座研究人员以及实习硕士生和大学生申请制度，热忱欢迎中心外科研人员和企业实习人员来中心开展研究工件。
应用微生物工程中心是国际标准化组织（ISO）授权关于食品与动物饲料微生物国际标准评审的组织成员。中心愿和大中型生物技术企业联合建立技术创新研究和发展基地，为推动我国生物技术产业的进步做出贡献。
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