从2004年2月起，上海市通过“上海食用农副产品质量安全信息平台”对食用农副产品的生产过程监控、条码识别和网络查询进行系统管理。农业企业通过“食用农副产品安全信息条形码”给每个产品建立起相应的生产档案。同时，通过信息技术，消费者能够对自己所购买的食用农副产品进行“身份查询”。另外，上海市30家蔬菜园艺场建立了“电子档案”，同时全市300多家千头以上的规模化养猪场建立了档案。这些档案的建立，保证了农畜产品安全的可溯源性，使更多、更安全的农畜产品进入市民的“菜篮子”，摆上市民的餐桌。
福建省首个肉品质量查询系统于2005年8月在厦门市正式开通，这种系统可让消费者获知肉品生产经营的所有信息，从而将肉品生产经营全过程的每个环节都置于肉品质量安全规范制度之下。济南市从2005年9月起开展食品安全信用体系建设试点工作，建立健全食品市场准入制、食品安全事故可溯源制和不合格食品退市制等。
2004年4月起，国家食品药品监督管理局等8部门确定肉类行业作为食品安全信用体系建设试点行业，开始启动肉类食品溯源制度和系统建设项目。试点工作的相关任务包括：制定适合我国国情的技术标准和管理规范，制定《肉类制品跟踪与溯源应用指南》和《生鲜产品跟踪与溯源应用指南》；建立我国肉类制品和生鲜肉食品溯源系统；制定肉类食品溯源应用解决方案等。现在，肉类行业食品安全信息平台已经开通，试点企业的有关数据开始录入。
2004年，由北京市农业局和河北省农业厅共同承担农业部的“进京蔬菜产品质量溯源制度试点项目”，由河北6县市蔬菜试点基地使用统一的包装和产品标签信息码，向北京市新发地和大洋路两个批发市场供货。
目前国内较有影响力的食品溯源系统主要有5个：上海食用农副产品质量安全信息查询系统、北京市农业局食用食品(蔬菜)质量安全追溯系统、中国肉牛全程质量安全追溯管理系统、世纪三农“食品安全溯源管理系统”等。
我国食品质量快速溯源系统存在的问题
由于现有食品溯源系统开发目标和原则不同，溯源信息内容不规范、信息流程不一致、系统软件不兼容，造成溯源信息不能资源共享和交换的问题。具体来讲有如下几个问题：
1.我国目前食品质量溯源系统多是以单个企业为基础开发的内部溯源系统，满足本企业溯源的需求，但一般不易实现溯源信息共享。
2.现有的系统溯源信息内容不一致，有简有繁。
3.溯源链条较短，没有实现上下游企业之间的溯源信息的传递。
4.食品生产企业的多元化给食品质量溯源系统的研发和推广带来困难。
5.食品质量溯源终端的匮乏及服务模式的可行性，阻碍系统的普及和推广。
解决我国食品质量快速溯源的建议
尽快建立我国食品质量的可追溯制度。即建立一个覆盖食品从初级产品到最终消费品各个阶段资料的信息库，从而一旦发现食品质量问题就能立即找到是什么地方出了问题，是谁出了问题。这样有利于控制食品质量，并可及时、有效地处理质量问题，追究责任，最终提高安全水平。
规范食品质量追溯的管理标识规则。通过管理标识(如二维码、安全码)可确定产品的身份、历史和来源，增强依据生产和销售链追踪产品的能力，是产品质量安全管理体系成功的要素之一。一般来说，建立可追溯制度有三个方面的意义，即当对人类健康或环境构成危险时，可以及时有效的从市场上撤出有问题的产品；促进对危害环境和人类与动物健康的无意识的、长期的影响进行识别与监测；有助于对标识管理进行统一控制。可追溯制度与标识管理有着不同的目标，但二者又是互相联系、互为补充的关系。可追溯制度能够提供进行标识的信息，良好的标识管理有助于可追溯制度的实施。
追溯标识强调产品的惟一标识和全过程追踪，对实施可追溯系统的产品，在其各个生产环节，可以实行HACCP、GMP或ISO9001等质量控制方法对整个供应链各个环节的产品信息进行跟踪与追溯，一旦发生食品安全问题，可以有效地追踪到食品的源头，及时召回不合格产品，将损失降到最低。所以，标准化已成为快速溯源系统建立的关键技术和基础。
建立和完善多级互联互通的可追溯网络。通过建立国家、省、市、县、企业(包括生产企业、销售企业)、消费者多级共享互联互通的可追溯网络，食品一旦出现问题，通过管理标识(如二维码)就会很快通过可追溯网络进行追踪，保证了食品安全。并可通过可追溯网络对原材料供应进行追溯，即使上市的食品出现问题，食品厂家也能快速找出原因，锁定食品消费者，快速采取补救措施。
开发推广普及多样性食品可追溯终端。要大量开发可追溯终端，满足各种环境下的使用和应用，特别是要加快开发和推广便携性终端。基于当前手机用户的广泛性和普及性，利用3G网络和FRID技术，开发基于手机的可追溯终端，以满足各种环境下使用的便利性和灵活性，同时在出现问题时又能通过手机码进行及时的沟通和警示，从而体现可追溯系统的完整性和可行性。
