由于小龙虾生长环境污浊，吃小龙虾确实存在一些卫生隐患。它的体内易积聚有害物质，特别是头部很容易吸附重金属和细菌。因此，吃小龙虾可能引起过敏和急性肠胃炎，龙虾的头颈有导致肺吸虫病的危险。
小龙虾虽然有不少健康隐患，但是很多人对这美味还是难以舍弃。上海华东医院营养科教授陈霞飞介绍，小龙虾的营养还是值得肯定的。其最主要营养是蛋白质，含量要高于大多数鱼虾；脂肪含量却很低。小龙虾还富含钙、钠等矿物质。
因此，不论是在家还是餐厅，吃小龙虾时都要格外注意卫生。在家吃小龙虾，买回后，要先用清水冲洗干净，最好在水中放养一两天。烹调前，要先去头。再用刷子刷洗虾壳。此外，小龙虾一定要煮熟，一般应用中火煮30分钟，每次吃最好不要超过10只。
在餐厅就餐，如看到特别鲜亮，但虾钳较少的小龙虾，使用“洗虾粉”的可能性就比较大，应慎食。吃小龙虾前，还要看一下小龙虾的躯体，如尾部蜷曲，说明入锅前是活的。如果尾很直，说明入锅之前就已经死了，死的小龙虾体内的病菌易超标，最好不要吃。
勿食小龙虾头部
夏日夜晚，喝着啤酒，大嚼小龙虾成为很多市民的“最爱”。但是，吃小龙虾也要多留个“心眼儿”。
提醒：吃小龙虾应前往食品卫生有保障的正规场所。因为夏季小龙虾死后腐坏得很快，消费者在选择食用时一定要特别小心，挑选鲜活的小龙虾，不要食用死龙虾和有浓烈腥味的熟龙虾。不要吃小龙虾中绿色的“龙虾肝”及小龙虾的头部。这些器官（肝脏）及头部储存着毒素，食后可能会引起食物中毒。
此外，学会区分生长在脏水里与河里的小龙虾。由于脏水的水质差，影响生长，所以生长于此的小龙虾个体较小，身体颜色不是那么鲜艳，特别是从腹部看有明显的黑色污染物；而河里的小龙虾则相对个体大，颜色比较鲜艳，体表比较清爽。
