薛达元认为，水稻的管理，难免不会像棉花一样混乱。科学家们所说的加强管理，可能完全是一句空话。
薛达元强调，他并不反对转基因技术，但更重视风险评估。“安全和管理问题都没有解决之前，那些科学家们为什么要急于商业化生产？”他发出疑问。
商业化生产的动力是什么？
假如有关争论仅仅围绕安全和管理层面，那么它还是一个相对容易解决的问题。支持转基因稻米生产的科学家们往往把视线集中在这里。中国科学院农业政策研究中心主任黄季就反复强调，大面积种植转基因水稻，不但农民的收入会增加，因为农药施用量减少，环境也能得到改善。种植转基因水稻符合国家利益，是转基因科学家们的一致说法。
但反对派们则把目光透视到了这些转基因水稻科学家的身后，甚至他们的钱袋。国家环保总局的主要技术支持专家薛达元就指出，科学家和有关部门在此问题上有其他动力：一、科学家们的研究成果需要推广，并得到好处。二、许多年来，国家科技部门在转基因研究上投入巨大，全国上百个单位研究转基因，除了转基因棉花外，目前只有转基因水稻项目接近成熟。数年来只有投入，没有产出，压力很大，急于出成果，因此迫切希望尽早商业化生产。
而绿色和平组织经过调查指出，种植转基因作物，受益最大的不是农民，而是科学家和生物公司。转基因技术具有专利权，科学家和生物公司掌握着专利，将获取巨大的商业利益。以全球转基因农业的巨头美国孟山都公司为例，在2001年，全球转基因作物的总种植面积有90％以上为孟山都的产品。现在全球只有一种转基因大豆品种，就是美国公司孟山都的抗草甘膦转基因大豆。市场上所有的转基因作物都是受到专利保护的，这意味着农民要对种子付出专利费用，而且不能自留种子，需要每年向种子公司购买种子。
“绿色和平”认为，同样的事也会发生在中国。在前几年商业化种植的转基因棉花上，已有这样的例子发生。
“绿色和平”认为，在转基因水稻商业化生产的推动者中，也似乎能看到国际大利益集团的影子。如果中国能打开商业化种植转基因水稻的大门，那么，美国的转基因种子将会源源不断地进入中国。“既然你们能种转基因水稻，为什么不可以种转基因大豆？”而且，由于多米诺骨牌效应，其他国家，包括农业大国印度，也将对美国门户大开。
9月2日，国务院发展研究中心研究员程国强在一次会议中指出，中国大豆产业应注意避免“拉美化”陷阱。他举了一个例子：美国一家生物公司在发明转基因大豆的最初几年里，曾一度打着“利用先进的生物科技，帮助贫穷国家发展粮食生产”的旗号，免费向南美发放转基因大豆种子。而当这些国家的农民已经习惯于播种转基因大豆时，美国生物公司却又说，凡是今后想继续播种转基因大豆的农民，必须向该公司缴纳“产权税”。这时大家才发现，凡播种过转基因大豆的土地已无法再重新播种传统的大豆作物。这些国家已完全陷入了美国生物公司所设下的陷阱。
中国农科院植保所研究员吴孔明说：“有很多组织希望中国跨出这一步。这背后有政治势力，有大的利益集团，方方面面在影响它。因此，这本来只是一个科学问题，却发展成高度紧张的局面，令国家决策层都在关注它。”
科学家的角色冲突？
那么，如果转基因水稻商业化，科学家到底有没有私利？
施鹏翔认为，12月2日“丰乐种业”的飞速涨停，提供了一个有趣的标本。这个公司曾经发布公告：“本公司决定与中国科学院遗传所、福建省农业科学院共同组建中科丰乐生物技术有限责任公司，研究开发抗虫转基因杂交水稻新品种。”
如果转基因水稻的商业化种植获得通过，最先致富的是哪些人？“是科学家和他们背后的公司。”施鹏翔说。
这样的范例在中国已存在。深圳创世纪转基因技术有限公司是一家民营股份制企业，手中拥有中国转基因棉花的专利。专利持有人郭三堆是中国农科院生物技术研究所研究员，他以专利入股，使生物技术研究所和他本人拥有这个注册资金8000万元公司股份的33％。一位创世纪公司的负责人告诉本报，郭三堆本人的股份占6.6％，在最近转让了部分股权后，仍掌握着5％的股份，目前来看，即400万元。“当然，实际上，远不止这些。”这位负责人说。
在此之前，郭三堆曾经批评绿色和平：“他们不懂基因工程，也不考虑农民死活。”
而现在，“绿色和平”批评转基因科学家们：他们关心的并非只是冠冕堂皇的“国家利益”和“农民利益”，也许，他们更关心自己的钱包。
“绿色和平”在调查中，还发现了转基因科学家以及支持者一些错综复杂的利益关系。
大力呼吁转基因水稻的中国科学院农业政策研究中心研究员黄季焜，其夫人是转基因科学家贾士荣所在的生物技术研究所的工作人员，又同时在贾士荣任董事的创世纪转基因技术有限公司任职。
如果黄季焜呼吁的转基因水稻商业化成功，那么，贾士荣是受益者之一。黄的夫人及其本人是否得益，不由得令人生出一些联想。
对此，黄季焜告诉本报，他的大部分支持转基因的文章写于1999年至2001年，而他的夫人是2001年才参与那家公司。
而一位科学家则回忆说，黄的很多有影响的鼓吹转基因的文章，是2001年以后才发表的。这与黄的说法有出入。
