北京和上海是目前我国利用信息技术管理食品安全信息最好的城市，其他省市尚未见类似报道。北京市“食品放心工程”协调小组与北京卓信达科技有限公司合作开发的“数码防伪追溯系统”是一个集现代计算机、通讯网络、数字密码及高科技印刷等高新技术为一体的信息化防伪及管理系统，它通过最新一代的加密算法技术，为每一件产品自动生成一个唯一的20位数字防伪密码，并在产品包装上粘贴，如同为每件食品打上身份证号码。已于2003年3月1日开始对12大类食品进行备案，目前已有400余家企业 1805个品种的食品在市工商局备案，其产品品名、品种、规格、商标、生产者的名称、地址、联系方式等都可以在工商网上查到。消费者只需揭开产品包装上的北京市“食品放心工程”防伪追溯标识，即可通过拨打防伪查询电话或上网或发手机短信等方式，就能快速识别商品的真伪。目前消费者在市场上能买到的贴有数码防伪标识的产品还只有一种，即北京百事-北冰洋饮料有限公司的北冰洋牌桶装水。北京市工商局建立的食品安全信用监督管理系统已于2003年初启动运行，该系统由备案管理、日常监督、信用记录、信息发布、专家指导等组成。为社会提供已列入重点名录的食品名单、定点屠宰厂、养殖场、蔬菜生产基地名单、各种优质、名牌、有机食品等称号名单。并提供行政部门检测信息及不符合食品安全标准、受到有关部门查处、限期追回、被责令暂停购进或者禁止销售的食品名单等信息。经营者可根据系统提供的信息把好食品进货关，将不放心食品挡在市场之外；消费者可根据系统的信息把好“进口”关，把不放心的食品拒之于购物篮外。该管理系统在全国尚属首创。
上海市早在2001年9月28 日已正式开通农业标准化咨询服务系统。该系统基于上海农业网平台，是为上海市安全卫生优质农产品标志认证所开发的网上办事系统。将农业标准体系、技术推广体系、检测体系、认证体系、执法体系的内容在网上公布，为生产优质农产品的农业企业或农民提供查询服务。所开发的“安全卫生优质农产品认证”模块，可进行网上办事，提高安全卫生优质农产品的申报、检测、认证效率。同时还在网上公布安全卫生优质农产品和绿色食品的品牌，为市民选购放心农产品提供方便。该系统还具有较强大的后台管理功能，便于市农产品质量认证中心的工作人员应用计算机技术，对申报认证的产品信息、申报产品的企业信息进行维护管理、数据汇总统计等。2002年7月上海市政府发布了105号令，规定本市建立食用农产品安全卫生质量跟踪制度，保证产品的可追溯性，在全国率先实施档案农业信息系统建设。农委信息中心开发了涉及猪出栏计划、兽药饲料采购、繁育、防疫、诊疗、死亡、药物残留检测等10个方面的猪场档案管理信息系统，不但完善了本市的动物安全监管体系，还大大提高了规模化养猪场的生产效率。为确保市外入境畜禽产品安全，信息中心又开发了市境道口外来畜禽管理信息系统，对畜禽运输车辆、货物、证明、违章等4个方面进行信息录入，现已在全市8个道口联网运行。2002年12月下旬起，上海档案农业又向无公害蔬菜等基地推进，现已有6家园艺场利用信息系统将农药化肥使用、采购、蔬菜销售等清楚记录在“案”。据悉，2003年上海的种猪场、标准化猪场、瘦肉精免检猪场、品牌猪场及园艺场将全部实施档案农业，并逐步在瓜果、奶牛场开发档案农业信息系统，以确保市民吃上放心肉、放心菜。使得市场上“上海产”农产品都有自己的“身份资料”，一旦出现质量问题，可找到其出问题的环节，一些超前信息更可使农产品安检提前至上市之前。
