但是委员们敏锐地指出了这个问题，“草案的说明是由国务院法制办所作，很显然是负主要责任或者负牵头责任的部门不明确，找不到一个为主的部门，所以勉为其难”。
而陈难先委员说的更直接，“翻开‘食品安全法草案’，光是‘国务院主管部门’、‘国务院授权部门’这类词就有12处以上，好像这些事情从来都没有任何具体部门负责？可我们去调研‘食品卫生法’的时候，18个部门都站出来。如果我们现在通过这部法律的话，就是我们没有行使监督权，因为我们不知道监督的主要对象是谁。”
而委员们的另一个意见，是关于各种食品安全相关标准的不统一。“农业部、卫生部、质检总局各有各的标准。”李援说。一些委员和人大代表对分段监管的弊病亦反应很大，说现在分段管理，政出多门。“对比较好监管、有权力的领域，各部门都比较积极；如果是管起来比较麻烦的，就没有部门去管。”全国人大代表陈志坤说。
二审：企业意见被合理吸纳
提交一审后的草案，在随后的2008年4月份向社会全文公布，征求意见。根据南方周末记者从全国人大办常委会公厅了解，公众的意见亦集中在监管体制上。
一些意见提出，草案将过渡性的分段监管的制度固化，是部门利益相互妥协的结果，“操作性不强，漏洞太多。”
此时国务院机构改革方案已经通过，卫生部被明确承担食品安全综合协调责任，由此立法者亦开始考虑解决体制问题。“随后在二审前的三四月份间，我们就确立卫生部综合协调，质检、工商、食药监等部门分段监管的思路。”李援说，“同时要将各个标准统一为食品安全国家标准，由卫生部统一制定，统一公布，以杜绝过去的弊端。”二审稿最终确立了上述规定。
但关于食品安全国家标准统一制定的问题，国家质检总局却有不同的意见。此前，按照标准化法规定，国家标准制定部门是“国家标准化管理委员会”，该委员会由国家质检总局主管。“现在要把食品安全的国家标准制定，拿出来给卫生部门，难度非常大。”李援说。
此前，卫生部门制定的食品卫生标准，也是由其和标准化委员会联合发布。“但是联合发布就涉及到工作的衔接问题，就有可能扯皮。”李说，“国家质检总局从维护国家标准制度的角度坚持联合发布。”
统一标准的事情，显然涉及到大量的协调工作，“国务院为这件事从去年3月就开始做工作，为解决这个问题，我们在二审稿的总则里专门加了一条，要求相关各部门要‘加强沟通，密切配合，依法行使职权，承担责任’，就是为了协调各部门利益。”李援说。
另外的一个争议就是草案中规定的“电子监管码”，这是国家质检总局从2008年开始推行的，即在每件产品的包装上粘贴或打印一个由条码和数字编码组成的电子监管码。
商务部和国家工商总局说，这一制度尚需论证。
而最激烈的反对声音来自企业，中国食品工业协会收集的意见说，草案中说的“电子监管码”对提高食品安全并无现实作用，且加重企业负担。如某饼干生产企业，如果实行此制度，就要增加投入将近1亿元。最终的结果是，二审稿将该规定删除。
关于草案，卫生部也有意见，建议保留由此前的食品卫生法确立的，实践证明行之有效的食品卫生监督检查制度。二审稿最后充实了草案中“食品生产经营”一章，将之前的食品卫生法里的很多规定转移了过来。
三审：“三鹿事件”直接影响立法
二审之后，原本可能在去年10月份三审通过的食品安全法，因为9月份爆发的三鹿奶粉事件而再生波澜。“随着‘三鹿奶粉事件’的情况每天被披露，我们就对照着看现在的草案对暴露出的问题是否能管得住。”李援说，“几乎是和事件发展同步的，今天看到有问题，加一条，明天又有新的问题了，再加一条。”
立法者发现，“三鹿事件”中的问题出在源头上，即在牛奶被奶企收购之前，就被添加了三聚氰胺，而奶牛养殖及牛奶收购站归农业部管理。此前的草案中，因为规定食用农产品由农业产品质量安全法负责，所以农业部门是被排除在外的。“我们就在监管的相关条文中加入了农业部门，凡是能加的都加上。”李说。草案同时规定地方政府要对农产品安全实行全程监管，以杜绝上述监管环节中的漏洞。
三鹿奶粉事件中，最致命的问题便是被添加的有毒物质三聚氰胺。草案三审稿由此增加了两条规定，其一是卫生部门在制订食品添加剂标准时，要经过风险评估，证明食品添加剂是“安全可靠、技术上确有必要的”才能列入食品添加剂目录。草案进一步规定，在食品添加剂目录之外，不得添加其他的物质。
李援对南方周末记者说，一个“技术上确有必要”，就可以解决后来出现的诸如“添加面粉增白剂”和“蒙牛添加OMP”等问题。“就是你添加的东西虽然无害，但是技术上没有确实的必要，就不能加。”李说，“有意见反对，说不好界定，但最后我们还是坚持写上了。”“包括‘民事赔偿优先’的规定，也是在‘三鹿事件’之后，我们发现，按照规定，行政罚款就已经先让三鹿破产了。所以国家不能先把钱拿走，而是应该让民事赔偿优先。”李援说，三鹿奶粉事件爆发后，三审的时候，各相关部委对草案的每条规定都抠得非常细，“一定要明确自己的责任和权力所在，以免将来出了事故之后责任不清”。
四审：改变的不只是10倍赔偿、明星代言
在草案三审之时，多位委员建议设立国务院食品安全委员会，这一意见在此后的四审稿中得到了体现。“全国人大常委会把这一意见批转给国务院，国务院领导非常重视，开会研究后明确表态，国务院将要设食品安全委员会。”李援说，“我们在四审稿中，就把它写入了草案。”
三审之后，博弈仍在进行。国家质检总局的领导带队和全国人大常委会方面继续协商食品安全标准制定的问题。不过类似的坚持在到了这个阶段后并不多见。“事实上，到最后三审和四审的时候，部门之间就不再主动说哪块要归我管了，因为归你管你就有责任。”李援笑言。
四审稿进一步加强了地方政府的权力，之前本来规定的是“县级以上地方人民政府统一组织、协调本行政区域的食品安全监督管理工作”，后来在四审的时候，在“组织、协调”前面加上了“负责、领导”几个字，以改变类似工商这种垂直管理部门，地方难以协调的问题。
另外新增的是关于明星代言要负连带责任的规定，“有人说太严了，说要明星把获得的广告报酬交出来就是了，但是这实际上等于没有惩罚。”李援说，“按现在规定，明星就要注意了，因为他可能因此赔得倾家荡产。”
有委员说，明星可能不好鉴别自己代言的商品是否有问题，但更多的委员支持这个规定。李援说：“如果你不确定，那就干脆别接食品广告。只要接了，那么就要预备承担责任。”
有委员说，对因食品安全造成损害的，10倍赔偿还达不到倾家荡产的程度，应该改为“不低于10倍”而不封顶。不过这一建议，未被采纳，“对于一个馒头来说，10倍赔偿没有什么，但是对于‘三鹿奶粉事件’这样的情况，10倍则是天价了”。
李援说，关于目前卫生部综合协调，各部门分段监管的体制，也是要看实际的效果。食品安全法对此留了一个余地，就是最后的“附则”中规定“国务院根据实际需要，可以对食品安全监督管理体制作出调整”。
或许，博弈还未结束。
需要提及的是，在《食品安全法》的立法过程中，全国人大常委会组织了13次调研活动。曾向31个省份和28个部委征求意见。另外还包括6个社会团体、16个高等院校和法学研究所。而向社会征求意见期间，共收到各方面意见11327条。
