种子公司不高兴
在一些地方，良种补贴正在面临两难的困境，补贴的话，种子公司不高兴，不补贴的话，农业局长不高兴。2008年3月底，中央决定扩大良种补贴面积后，各地就发生了种子经销商群访事件。
在这前后，河南省种子协会11家大种子公司主要负责人联名给省政府写信，建议把良种补贴直接发给农民。
该建议指出，作为政府部门应当加强对良种补贴的宏观调控，对微观操作不宜过于繁琐，不能用计划经济的惯常手段来操作市场经济条件下的良种补贴。政府应当制定方案，引导农民购买放心种子，规范良种补贴中的种子市场秩序，而不能在招标投标中“忙死”；供种企业要讲信誉，提供优质适价的种子，而不能在跑拉关系中“累死”。
自河南省11家种子企业“集体上书”后，河南省政府紧急叫停了良种补贴工作，表示待种子销售完后，良种补贴将直接发给农民，意图稳定整个种子市场。
知情人士告诉记者，后来河南的基层农业局长“不愿意了”。2008年8、9月份，农业基层局长联名写信到省政府。这个事情说法很多，比较可信的就是，8月份，中央领导提出河南2009年612亿斤小麦产量不能少。河南省政府马上组织调研，召开农业生产座谈会，会上基层农业局长说，“小麦增产的关键是良种补贴。”随后，河南省良种补贴资金都给小麦了，7000万亩的面积全补了。
2008年4月28日，河北省沧州地区9个县市的个体玉米种子代理商和乡镇种子经营户在省会石家庄集合，要求把良种补贴款直接发给农民。最后被各县县长和局长以答应给种植面积的方式“请了回来”。
山东省农业厅2008年的一份内部文件中指出，近日潍坊临沂、德州、菏泽等市部分种子经营业户误传信息，串联上访，造成不良影响。2008年6月24日，山东省就发布了紧急文件，立即停止良种补贴。“结果是有的补，有的没补。”
2008年5月15日，安徽省农委张华建副主任在该省玉米良种补贴项目会议上指出，前不久出现了萧县种子协会和宿州种子经营企业越级集体到省农委上访的事件。“上访企业主要反映农民认可的品种不能进入良种补贴，过去良种补贴存在虚报浮夸和腐败问题，良种补贴会使一些中小企业倒闭破产等。要求把良种补贴资金直接发给农民，由农民自由选购。”
佟屏亚在给中央的信中说，有些省农业部门层层设卡，明目张胆地索取“好处费”。首先企业必须到省农业部门请求列为补贴品种（交挂号费），再到地市农业部门确认为进入品种（交进门费），最后还要到县农业部门投标应招（交服务费）。
副省长因何愤怒
2009年元旦前后，小麦旱情早已在豫南地区，如驻马店发生。驻马店种子管理站负责人告诉《投资者报》记者说，除去今年特殊的旱灾发生外，部分良种补贴的小麦种子发芽率过低，以及不抗旱抗寒等情况，导致今年河南省小麦生产情况十分不乐观。
比如，在驻马店地区和豫北的濮阳县等地区以及山东部分县市，良种补贴品种“小麦周麦18”出现大面积的冻伤，面积超过10万多亩。有种子商认为，主要原因就是随着良种补贴实行的这几年下来，通过审定的品种，呈现退化的趋势，根本就赶不上上世纪九十年代审定的品种。
另外还有一个情况，2008年由于河南省搞的小麦的良种补贴6月份才进行，导致时间滞后，河南省的好种子都被江苏山东等省区的种子企业买去，导致河南省种子情况普遍质量不高。
据悉，河南省主管农业的副省长刘满仓在这次抗旱中压力很大，他在最近一次会议上，就批评各县各市农业部门：你们这些当局长的，都说补贴怎么好，农民现在上访，还不是因为你们包办的种子不抗旱，政府已经把办公费用给你们了，你们为啥不工作好，你们还是坚持招标。补贴一定要直接补到农户。
良种补贴导致粮食减产的著名案例发生在河北徐水。
2008年，河北省徐水县农业局强令大面积种植良种推广补贴的小麦品种“石麦15”。虽然当年河北省小麦丰收，不过，徐水县几万亩“石麦15”严重减产。原因是小麦刚抽穗不久，从穗子中部就开始发芽，而后全穗变黑，被一团灰色粉状物包围，造成粮库不收购，人不能吃。其他品种如济麦22、石麦828、石麦733等都获得了好收成。
“石麦15”研发者石家庄市农业科学院向《投资者报》记者证实，“该品种审定仅为河北省中南部地区使用，就是指定保定市区以南。”而徐水县在保定市区以北地区。
有河北徐水种子经销商对《投资者报》记者说，石麦15根本就没有在徐水当地做过试种，这也是违反规定的。并且石麦15，是徐水农业局强行指定种植的。
他还介绍，今年小麦出的问题是发芽率太低。一些公司把老百姓的长短不齐的麦种，打包起来再当良种卖给农户。“在我公司后面大院里，我亲眼看到的”。
知情农业专家告诉记者，“因为良种补贴种子质量不高导致发芽率偏低的问题，2008年秋，河北省各地舆情严重。”
2008年9月18日，河北省种子管理总站下发紧急通知，要求“对所有小麦供种企业的质量监督都不能放松，主要检测发芽率指标，要以良种补贴中单位为重点，确保抽检工作覆盖百分之百的品种、百分之百的企业。同时，针对部分小麦种子质量还没有稳定的情况，对已供应到农民手中的良种补贴小麦种子，还要跟踪调查种子质量。”
